LAMMPS 软件中的“write_datafile”命令用于将分子动力学模拟的配置输出到数据文件。数据文件包含有关模拟框、原子类型、质量和坐标的信息,可用作后续模拟或分析的输入。 科技 软件应用 人工智能 公开课 编程 分子动力学模拟 科研软件 科研工具 lammps 科研学习 ...
使用write_data命令保存data文件,在ovitio中可视化后可以用于验证模型是否准确。 举例如下: write_data Al_model.xyz 13、timestep 设置模拟的时间步长,金属中一般是在atomic单位制下,所以timestep的单位一般是ps。 举例如下: timestep 0.001 这里设置的是0.001ps,也就是1fs。 14、velocity 用来创建初始温度,或者理...
write_dump命令能够实现dump_modify的功能,也就是可以按照元素名称保存data文件。 以NaCl溶液建模为例,write_data命令改为write_dump命令: write_dumpallxyzall.xyzmodifyelementOHNaCl 结果为: Cu粗糙界面建模代码改为: write_dumpallxyzall.xyzmodifyelementCu 结果为: 需要注意的是write_dump命令保存的文件格式和dum...
write_data all1.data #move ball displace_atoms ball move 0 0 -30 units box #save data write_data all2.data 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 如果在使用lammps过程中遇到什么问题,可到公众号或者QQ群留言。 公...
第一种方式是使用lammps自带的建模命令建模,比如使用region命令划分区域,create_box命令生成模拟盒子,lattcie确定原子晶格常数,create_atoms生成原子。 使用命令行建模比较抽象,建模过程不是“所见即所得”,为了验证所建模型是否符合要求,可以在建模代码的后面使用write_data命令把模型保持为data文件,在lammps中运行in文件,...
此后的13命令对做高分子及无机非的模拟的需要额外关注 pair_write bond_style bond_coeff, angle_style angle_coeff, dihedral_style dihedral_coeff, improper_style improper_coeff, kspace_style, kspace_modify dielectric, special_bonds ---Seting--- neighbor, ** 截断半径相关的设置 neigh_modify, ** time...
【LAMMPS入门】命令简介 5—lattice, 视频播放量 3080、弹幕量 0、点赞数 21、投硬币枚数 5、收藏人数 17、转发人数 3, 视频作者 半纸AI, 作者简介 分享成长~,相关视频:【LAMMPS入门】命令简介 7—create_box,命令简介 11—write_data,【LAMMPS入门】命令简介 8—create
1.Lammps官网命令,写in data文件时注意看:https://lammps.sandia.gov/doc/Commands_all.html 2.in文件包括四个部分:初始值,定义原子和盒子,设定条件,run 大致了解这些命令如下 #附断裂实例操作 :https://youtu.be/M8NPAk0Cs7Q lattice(晶格参数),region(选择一个而区域),create_box(创建一个盒子),create-at...
此后的13命令对做高分子及无机非的模拟的需要额外关注 pair_write bond_style bond_coeff, angle_style angle_coeff, dihedral_style dihedral_coeff, improper_style improper_coeff, kspace_style, kspace_modify dielectric, special_bonds ---Seting--- neighbor, ** 截断半径相关的设置 neigh_modify, ** time...