它是随机运动中空间范围的最常见度量，可以被认为是对随机行者“探索”的系统部分进行度量。在生物物理学和环境工程领域，均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散，或者对流力是否也存在作用。视频教学中以lammps里“compute msd”命令计算均方位移 (MSD)
其中,c_1[1]、c_1[2]、c_1[3]分别对应x、y、z三个方向的msd,c_1[4]为平均后的msd。 最后一行使用fix print命令把步数和4个msd保存到msd.dat文件中。 在需要计算msd的时候,直接把代码段插入到in文件中即可。 --- 公众号:lammps加油站
LAMMPS-均方位移(MSD)详解 余从博发表于LAMMP... 为什么要对特征进行缩放(归一化) 在Andrew Ng的 机器学习课程里面,讲到使用梯度下降的时候应当进行特征缩放(Feature Scaling)。进行缩放后,多维特征将具有相近的尺度,这将帮助梯度下降算法更快地收敛。 为了解释为什么特… 佞狐臭臭 【AI系统】计算之比特位宽 ZOMI酱...
前3行一次为xyz方向上的msd值,第4行为总的msd值。 例如以下命令可用于输出每500000步的msd值: compute md1 w_03A msd fix msd01 w_03A ave/time 500000 1 500000 c_md1[*] file w_03A.msd mode vector 3 group/group group/group计算材料的相互作用能,由以下命令计算输出: compute ID group1-ID group...
以下是一个简单的示例,说明如何使用LAMMPS计算MSD并拟合原子扩散能垒。 首先,我们需要导入LAMMPS的库,并创建一个模拟环境。在这个环境中,我们将模拟一个简单的金属系统,其中原子可以自由地扩散。 ```cpp #include "lammps.h" int main() { lammps *lmp = lmp_new(); // ...初始化lammps设置... // .....
LAMMPS计算MSD拟合原子扩散能垒示例 跟据过度态理论,体系中某一group原子的扩散系数与均方位移具有以下公式(1)和(2)的关系,公式(1)中r(t)为原子位移,d为维度,t为测量原子扩散的时间。公式(3)为扩散系数与温度T的关系,其中E a 为扩散能垒,k B 为波尔滋蔓常数。因此只需要计算一定温度范围内扩散系数与温度的...
其目的是想看下这两个铁原子是否趋向聚合，于是先用lammps跑了下两个铁原子的MSD,得到如下图像 ...
这是什么问题(O_O)？算出的扩散系数误差很大。或者说lammps中计算扩散系数只能用compute_msd计算么？有...
可以通过rerun命令读取dump文件中原子的位置,进行rdf、MSD分析,能量计算,这样就不需要再重新进行计算了。 1.初始run.in(没有计算rdf、msd等) 2.基于初始run的轨迹文件01run.lammpstrj 的基础上补充想要计算和输出的内容,如rdf、msd、能量、力等,把最后一行的run语句改成rerun语句。建议写x y z vx vy vz,读入...
分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 用LAMMPS计算MSD的问题汕头大学海洋科学、生物学、生物与医药等3个专业接受调剂59 2/1 返回列表 查看: 1576 | 回复: 58 只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏 在APP中查看 相关版块跳转 分子模拟 我要订阅楼主 乐奏球 的主题更新 59 2/1 返回列表 普通...