miR-Deep2 and miReap predict exact precursor sequence according from mature sequence 文章提到了fastq数据质量控制标准,数据比对工具,比对的参考基因组(两条比对线路),获得miRNA表达量,miRNA预测,miRNA靶基因预测。 这也是我们学习miRNA-seq的数据分析的标准套路, 而且作者给出了所有的分析结果,我们完全可以通过自己的...
跟RNA-seq拿到的counts矩阵是类似的分析策略,只不过是miRNA-seq热度已经过去了,我也仅仅是五年前接触过一次。 其实miRNA-seq数据上游分析有两个方案,一个是仅仅针对已知的miRNA进行定量,这样的话无需比对到物种参考基因组,仅仅是比对到miRNA序列合集即可。另外一个挖掘新的miRNA,主要是考虑到人类对miRNA的认知的不停...
对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释 但是在回看自己五年前的 一篇文章学会miRNA-seq分析 ,发现反而是上游分析并不具备固定的流程,如果上游分析都有疑问,意味着拿到的miRNA表达矩阵本来是有问题的,后续的下游分析也就无从谈起了。 比如发表在Genome Biol. 2014的文章Evidence for the biogenesis of more than...
1 miRNA-Seq环境搭建 参考序列文件 在前一篇我们已经准备好了MIRBASE的miRNA参考序列文件。 mkdir -p ~/refer/miRNA cd ~/refer/miRNA wget https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/hairpin.fa.gz ## 38589 reads wget https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/mature.fa.gz ## 48885 reads wget https://www...
对于miRNA比对一般有2种方式,一种是比对到基因组上,另一种是比对到对应物种的miRNA数据库中。此处的genome.fa是基因组文件。 -mi.fa 是把miRNA.fa的U碱基转换成T碱基。 -miRNA.fa 是原始的从mirbase下载的茎环结构的数据,自己命名。 bowtie分别构建上述三个基因组的索引文件。
文章提到了fastq数据质量控制标准,数据比对工具,比对的参考基因组(两条比对线路),获得miRNA表达量,miRNA预测,miRNA靶基因预测。 这也是我们学习miRNA-seq的数据分析的标准套路, 而且作者给出了所有的分析结果,我们完全可以通过自己的学习来重现他的分析过程。
当然仅仅是套路分析还不够，所以他进⾏了 miRNA和mRNA 进⾏⽹络分析并做了少量湿实验来验证，最后还扯了⼀些⽣物学意义。第⼆讲：搜集学习资料 因为我是完全从零开始⼊门miRNA-seq分析，所以收集的资料⽐较齐全。了解miRNA测序是怎么回事，该分析什么，然后主要围绕着第⼀讲⽂献⾥的分析步骤来...
文章提到了fastq数据质量控制标准,数据比对工具,比对的参考基因组(两条比对线路),获得miRNA表达量,miRNA预测,miRNA靶基因预测。 这也是我们学习miRNA-seq的数据分析的标准套路, 而且作者给出了所有的分析结果,我们完全可以通过自己的学习来重现他的分析过程。
根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的 差异分析得到的结果注释一文就够 虽然表达矩阵的获取是类似的(不管是表达量芯片,还是测序), 但是下游分析千差万别: 而miRNA-seq数据虽然也是表达量矩阵,差异分析,差异miRNA列表,但是miRNA本身是没有后续分析的丰富的数据库资源的。之前我在生信技能树分享了几个miRNA的靶向...
本报告从整体上分析了微rna测序(miRNA-Seq)市场规模趋势和国内竞争格局,其次通过地区、类型以及应用三个层面,深入分析了微rna测序(miRNA-Seq)市场各细分领域发展状况,涵盖不同类型产品种类与销量、不同应用领域分布情况、各地区市场现状、市场机遇以及市场限制等。通过对微rna测序(miRNA-Seq)行业碳中和产业配置格局变化...