对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释 很多粉丝留言想听miRNA-seq数据分析流程,主要是上游分析流程,因为下游其实就是表达矩阵分析。跟RNA-seq拿到的counts矩阵是类似的分析策略,只不过是miRNA-seq热度已经过去了,我也仅仅是五年前接触过一次。 其实miRNA-seq数据上游分析有两个方案,一个是仅仅针对已知的miRNA进行...
对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释 但是在回看自己五年前的一篇文章学会miRNA-seq分析,发现反而是上游分析并不具备固定的流程,如果上游分析都有疑问,意味着拿到的miRNA表达矩阵本来是有问题的,后续的下游分析也就无从谈起了。 比如发表在Genome Biol. 2014的文章Evidence for the biogenesis of more than 1...
1 miRNA-Seq环境搭建 参考序列文件 在前一篇我们已经准备好了MIRBASE的miRNA参考序列文件。 mkdir -p ~/refer/miRNA cd ~/refer/miRNA wget https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/hairpin.fa.gz ## 38589 reads wget https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/mature.fa.gz ## 48885 reads wget https://www...
文章提到了 fastq 数据质量控制标准,数据比对工具,比对的参考 基因组(两条比对线路),获得 miRNA 表达量,miRNA 预测, miRNA 靶基因预测。 这也是我们学习 miRNA-seq 的数据分析的标准套路, 而且作者 给出了所有的分析结果,我们完全可以通过自己的学习来重现他的分 析过程。 • Supplementaryfilesformatandcontent: ...
记录miRNA-seq数据分析方法 ,参考jm生信技能树的——构建miRNA-seq数据分析环境 step1:使用TBtools小工具sRNAseqAdaperRemover去除测序原始数据接头,参考——[小RNA数据分析-第一步(去除测序数据接头)](file:///F:/%E4%B8%8B%E8%BD%BD/%E7%BD%91%E9%A1%B5/%E5%B0%8FRNA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%88...
文章提到了fastq数据质量控制标准,数据比对工具,比对的参考基因组(两条比对线路),获得miRNA表达量,miRNA预测,miRNA靶基因预测。 这也是我们学习miRNA-seq的数据分析的标准套路, 而且作者给出了所有的分析结果,我们完全可以通过自己的学习来重现他的分析过程。
再接下来可以进行主成分分析,对整个表达矩阵计算主成分,然后选取前面两个主成分绘制PCA图,可以看见PCA1代表了原本36%的信息量,PCA2代表了原本10%的信息量,然后normal和其他两类比较能分得开,比起之前那次作业芯片数据,这次的紧致性要好得多。 图表4PCA图 miRNA-seq数据分析 数据处理过程和上面的RNA-seq一样,把...
miRNA测序可以分为两种方法:小RNA-seq和miRNA-seq。 1. 小RNA-seq: 小RNA-seq是对全长小RNA进行测序。首先,从细胞或组织中提取总RNA,然后通过RNA聚合酶II反转录合成cDNA,构建文库。接着,对文库进行PCR扩增、片段大小选择和高通量测序,最后利用测序数据进行miRNA注释和分析。 2. miRNA-seq: 二、miRNA测序的实验...
lncRNA注释数据库(注释及名称转换) circRNA注释数据库 13:30~15:00 miRNA分析 miRNA-seq高通量测序解读 (1)差异miRNA分析 (2)miRNA-mRNA数据库(验证和预测结果) (3)miRNA与靶基因结合位点(MRE)分析(4) VENN图分析 (5)癌症的miRNA预后分析 15:20~17:00 ...
chip_seq数据分析 Chip-seq简介 chip_seq质量评估之计算样本间的相关性 chip_seq质量评估之查看抗体富集效果 chip_seq质量评估之PCA分析 chip_seq质量评估之coverage分析 chip_seq质量评估之FRiP Score chip_seq质量评估之cross correlation chip_seq质量评估之文库复杂度 depth, bedgraph, bigwig之间的联系与区别 big...