3. **差异表达分析**：利用差异表达分析软件对miRNA芯片数据进行差异表达分析，比如使用R包edgeR或DESeq2等工具，确定差异表达的miRNA。4. **统计学分析**：对差异表达的miRNA进行统计学分析，计算P值，筛选出P<0.005的miRNA。5. **功能注释和生物信息学分析**：对筛选出的差异表达miRNA进行功能注释...
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但是目前这个工具只能处理RNA-seq以及单通道的芯片。同时处理的也只能是表达谱芯片。对于miRNA以及一些non-coding的则没办法进行差异分析。 原文可参: 比GEO2R更好用的GEO数据分析工具_进行www.sohu.com/a/471864090_121124540
GEOexplorer数据库(https://geoexplorer.rosalind.kcl.ac.uk/)于2022年5月份发布在Nucleic Acids Research杂志,基于GEO数据库芯片和RNA-seq数据或者上传个人数据集,提供探索性数据集分析、基因表达差异分析和功能注释及可视化等功能,产生丰富的交互式可...
于2022年5月份发布在Nucleic Acids Research杂志,基于GEO数据库芯片和RNA-seq数据或者上传个人数据集,提供探索性数据集分析、基因表达差异分析和功能注释及可视化等功能,产生丰富的交互式可视化结果,无需要编程即可产出发表级图表,为生命领域研究人员尤其是缺乏生物信息学技能的研究者高效利用公共数据集挖掘重要信息提供极大...
会告诉你,你的基因属于哪种类型,别人的文章能够分出miRNA或lncRNA的原因,根据biotypes取子集就可以提出来 9-总结:整个pipeline需要进行个性化修改的地方 10-PPI网络:需要用到网络工具 制作输入数据string需要的代码如下(pipeline的07_string): rm(list = ls()) ...
Dr. Li,生物信息学博士,有十余年的测序数据分析经验。研究领域涉及机器学习,芯片数据分析,测序数据分析,miRNA靶基因预测 课程概述 评论(2) 本课程详细介绍了GEO数据库,以及如何在GEO数据库中检索自己需要的数据。苹果手机用户请尽量使用电脑端购买,以免增加不必要的费用。介绍GEO自带的做差异表达分析的工具GEO2R。结...
以上就是这个工具的一步一步的用法了。总的来说还是相比较GEO2R的话。在可视化方面以及前期选择处理方面还是出色一些的。但是目前这个工具只能处理RNA-seq以及单通道的芯片。同时处理的也只能是表达谱芯片。对于miRNA以及一些non-coding的则没办法进行差异分析。
miRNA <- A[which(A$FDR_Y<0.1 | A$FDR_X<0.1),] miRNA <- miRNA[which(abs(miRNA$Mean...