1.进入NCBI官网National Center for Biotechnology Information (nih.gov),登录账号 2.在下方选项中点击“submit”,下拉至“other tool-GEO”,点击“learn more” 3.选择“Submit high-throughput sequencing" 4.完成下图3项数据准备工作: 上传所需文件 ①metadata表格:下拉见细节描述中有模板表格下载,下载后依据上传...
做单细胞转录组测序的原始数据,一般都是上传到NCBI的GEO数据库的。 GEO数据库长这个样子: 拉到下面可以看到sample和project,是存放原始数据(fastq测序文件)所在。 但原始测序数据一般比较大,特别是scRNAseq,一个样本的双端测序数据文件压缩后至少50G起。另外就是拿到原始测序数据,需要跑cellranger比对, 一方面不是所有...
最近,NCBI GEO团队推出了一项“王炸”更新:GEO2R可以直接分析RNA-seq测序数据了。 GEO2R是NCBI GEO团队针对上传到GEO的芯片数据开发的一款在线差异分析、可视化作图工具,是广大数据分析人员的福音。然而,一直以来GEO2R仅针对芯片数据,对于越来越多的测序数据,只能下载所上传的matrix矩阵,进行分析,若没有上传表达矩阵,...
如果您的单细胞RNA测序数据是通过其他技术产生的（比如使用Smart-Seq2的基于孔板的实验等），Cell Ranger...
参考网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/rnaseqcounts.html#why 0.痛点 GEO网站的芯片数据是有统一格式的,都放在series.matrix.txt.gz文件里面了。但是RNA-seq数据,series.matrix.txt.gz文件里只能拿到临床信息(表型信息),而表达矩阵却是空的。大多数的作者在supplementary file里面提供了表达矩阵,格式...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 本节概览:1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux... 嘿嘿嘿嘿哈阅读 17,957评论 0赞 58 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts... 本节概览:hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件,hi...
不能。没有原始数据就意味着存在科研不严谨甚至数据造假的嫌疑，既然有处理出来的数据，那么公司肯定还有...
除SRA数据库之外,GEO数据库也是目前文章投递过程中要求进行数据上传的数据库之一。 网上关于GEO数据库的上传教程良莠不齐,推荐使用下面的方法快速上传自己的数据到GEO。 第一步 向GEO提交联系信息 正常登录NCBI,如果是首次进入GEO,页面会出现两个选项,如下图: 对于之前从未上传数据到GEO的同学,请选择第二个选项。
RNA-seq 数据分析流程 相关软件安装 下载数据 sra转fastq格式 数据质控 数据质控,过滤低质量reads,去接头 比对 首先下载参考基因组及注释文件,建立索引 比对 sam文件转bam 为bam文件建立索引 reads的比对情况统计 计数counts 差异基因分析 RNA-seq 数据分析流程 ...
接下来以某RNA-seq数据上传为例展示,点击上传高通量数据类型。 以上传高通量数据为例 2.1 上传数据要求 根据网站要求,需要上传3种数据,包括: 信息表(Metadata spreadsheet),这个由GEO网站提供,需下载填写; 一些重要的处理后数据(Processed data files),如基因表达值矩阵等; ...