所以一定要看清楚自己的注释文件和Sam文件的格式是否一致,否则会出现counts=0. 4. 表达量差异分析(R语言中操作) 无生物学重复使用DEGseq,有生物学重复使用DESeq2 无生物学重复DEGseq(以下代码摘自引用1,未经过实践。) library("DEGseq")#BT_0_1geneExpMatrix1<-readGeneExp("ht.genotype_data1.txt",gene...
第四, 在得到高质量的clean数据之后就是进行比对,将miRNA的数据比对到相应物种的基因组上,这里我用的是bowtie软件,(bowtie -q -v 2 -l 10 -k 15 Reference/genome.fa trim_data1.fq -S data1.sam 2>mapping.info),我分析的植物miRNA-seq的数据,比对率超过了90%。 第五, 在得到比对的结果之后就是用...
当然仅仅是套路分析还不够,所以他进行了 miRNA和mRNA 进行网络分析并做了少量湿实验来验证,最后还扯了一些生物学意义。 第二讲:搜集学习资料 因为我是完全从零开始入门miRNA-seq分析,所以收集的资料比较齐全。 首先看了部分中文资料,了解miRNA测序是怎么回事,该分析什么,然后主要围绕着第一讲文献里的分析步骤来搜索...
太复杂的流程就算了,比如上面提到的发表在 Nucleic Acids Res. 2016 Jan 8; 的文章的流程: https://github.com/bcgsc/mirna 普通人一辈子也就是处理两三次miRNA数据,并不是TCGA计划那样专业的团队,所以我们仅仅是关心测序reads的清洗问题,接头去除,以及比对的策略。定量之后的表达矩阵分析,反而是很简单的。 欢迎...
小RNA-seq是对全长小RNA进行测序。首先,从细胞或组织中提取总RNA,然后通过RNA聚合酶II反转录合成cDNA,构建文库。接着,对文库进行PCR扩增、片段大小选择和高通量测序,最后利用测序数据进行miRNA注释和分析。 2. miRNA-seq: 二、miRNA测序的实验流程 1.样品准备: 首先确定研究的生理或病理状态以及需要比较的组别。样...
分析流程: 1、导入 rm(list = ls()) options(timeout = 10000000) options(scipen = 20)#不要以科学计数法表示 library(tinyarray) proj <- "GSE246130" 2、芯片数据下载 geo = geo_download(proj,colon_remove = T) #boxplot(geo$exp[,1:10]) ...
获得了miRNA之后,我们可以尝试做一下差异分析,那么这种差异分析本质上是于mRNAseq的流程一样的。 曾老师/小洁老师也已经在多个推文中展示了mRNAseq的整合差异分析方法。 分析流程: 1、导入 代码语言:javascript 复制 rm(list = ls()) proj = "TCGA-HNSC" load(paste0(proj,"_miRNA_count.Rdata")) ...
关于miRNA-seq数据分析流程流程,文献描述如下: Pre-processing: Sequencing adapters removal performed with Trimmomatic (v0.32) Pre-processing: reads in the size range of 18-50 nucleotides were selected and used for downstream analysis Mapping: mapped against mature miRNAs in the mirBase (version 21) ...
前些天逛bioStar论坛的时候看到了一个问题,是关于miRNA分析,提问者从NCBI的SRA数据下载文献提供的原始数据,然后处理的时候有些不懂,我看到他列出的数据是iron torrent测序仪的,而且我以前还没玩过miRNA-seq的数据分析, 就抽空自学了一下。因为我有RNA-seq的基础,所以理解学习起来比较简单。特记录一下自己的学习过程...
构建miRNA-seq数据分析环境只需要使用上面的的文件即可。 然后使用conda配置好软件环境仍然是参考我五年前整理的流程,使用bowtie软件和SHRiMP软件进行比对,然后fastx_toolkit 和fastqc进行质量控制。conda create -n miRNA conda activate miRNA conda install -y -c bioconda hisat2 bowtie samtools fastp bowtie2 ...