当然仅仅是套路分析还不够,所以他进行了 miRNA和mRNA 进行网络分析并做了少量湿实验来验证,最后还扯了一些生物学意义。 第二讲:搜集学习资料 因为我是完全从零开始入门miRNA-seq分析,所以收集的资料比较齐全。 首先看了部分中文资料,了解miRNA测序是怎么回事,该分析什么,然后主要围绕着第一讲文献里的分析步骤来搜索...
其实miRNA-seq数据上游分析有两个方案,一个是仅仅针对已知的miRNA进行定量,这样的话无需比对到物种参考基因组,仅仅是比对到miRNA序列合集即可。另外一个挖掘新的miRNA,主要是考虑到人类对miRNA的认知的不停的进步。当然,如果你想系统性学习,可以参考我五年前在生信菜鸟团自学miRNA-seq分析系列笔记: 自学miRNA-seq分析...
但是在回看自己五年前的 一篇文章学会miRNA-seq分析 ,发现反而是上游分析并不具备固定的流程,如果上游分析都有疑问,意味着拿到的miRNA表达矩阵本来是有问题的,后续的下游分析也就无从谈起了。 比如发表在Genome Biol. 2014的文章Evidence for the biogenesis of more than 1,000 novel human microRNAs的流程就值得介...
4. 表达量差异分析(R语言中操作) 无生物学重复使用DEGseq,有生物学重复使用DESeq2 无生物学重复DEGseq(以下代码摘自引用1,未经过实践。) library("DEGseq")#BT_0_1geneExpMatrix1<-readGeneExp("ht.genotype_data1.txt",geneCol=1,valCol=3)geneExpMatrix2<-readGeneExp("ht.genotype_data2.txt",ge...
1 miRNA-Seq环境搭建 参考序列文件 在前一篇我们已经准备好了MIRBASE的miRNA参考序列文件。 mkdir -p ~/refer/miRNA cd ~/refer/miRNA wget https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/hairpin.fa.gz ## 38589 reads wget https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/mature.fa.gz ## 48885 reads wget https://www...
这也是我们学习miRNA-seq的数据分析的标准套路，⽽且作者给出了所有的分析结果，我们完全可以通过⾃⼰的学习来重现他的分析过程。Supplementary files format and content: tab-delimited text files containing raw read counts for known mature human miRNAs.（表达矩阵）We detected 836 known human mature miRNAs...
当然仅仅是套路分析还不够,所以他进行了 miRNA和mRNA 进行网络分析并做了少量湿实验来验证,最后还扯了一些生物学意义。 第二讲:搜集学习资料 因为我是完全从零开始入门miRNA-seq分析,所以收集的资料比较齐全。 首先看了部分中文资料,了解miRNA测序是怎么回事,该分析什么,然后主要围绕着第一讲文献里的分析步骤来搜索...
但是在回看自己五年前的一篇文章学会miRNA-seq分析,发现反而是上游分析并不具备固定的流程,如果上游分析都有疑问,意味着拿到的miRNA表达矩阵本来是有问题的,后续的下游分析也就无从谈起了。 比如发表在Genome Biol. 2014; 的文章Evidence for the biogenesis of more than 1,000 novel human microRNAs的流程就值得介...
当然仅仅是套路分析还不够,所以他进行了 miRNA和mRNA 进行网络分析并做了少量湿实验来验证,最后还扯了一些生物学意义。 02 搜集学习资料 因为我是完全从零开始入门miRNA-seq分析,所以收集的资料比较齐全。 首先看了部分中文资料,了解miRNA测序是怎么回事,该分析什么,然后主...