基于文献《Prediction of Mammalian MicroRNA Target 》中的叙述,往往通过miRNA的 seed region(5‘ -> 3' 第2-7个碱基)来鉴定与lncRNA或者mRNA的互作 通常情况下是寻找lncRNA或者mRNA的3’ UTR区与miRNA的 seed region 互补,来判断两条序列是否有互作关系,下面有几款常用的预测软件 该软件需要准备miRNA的 seed ...
需要整理成: 两列,一列是gene,一列miRNA,每对mRNA-miRNA组合占一行,形如: 思路 1.第二列miRNA进行分割,分隔符为; 2.每个基因对应多少个miRNA,就重复多少次放在第一列。 3.miRNA依次排列即可。 代码实现 输入数据可以自己编一个。也可以在生信星球公众号回复“mi636”获得。 library(rio) x = import_list(...
前面讲的实验都是基于miRNA和mRNA的互补结合序列,那么接下来可以设计阻断实验进行验证其互作,阻断实验有两种: ①阻断miRNA的结合 这里用到miRNA的inhibitors,例如miR-X的反义RNA寡聚物anti-miR,其能阻断miR-X RISC复合物对靶基因mRNA的降解。 阻断miR后,基因的表达不再被抑制 ②突变mRNA的3’ UTR的seed region 就...
继续筛选,从上一步中响应抗性的互作关系对中,再筛选上下调相反的。然后筛选其中抗性品种特异的对,确定12个miRNA-mRNA靶向互作对。 文章中的这几步缩小候选范围,用Dr. Tom可以从互作网络图中直接获取核心的mRNA/miRNA,再用分析工具中的功能分类/富集、聚类热图等工具,就可以筛选得到目标功能、特异表达的基因。 5. ...
(如 hsa-miR-613, hsa-miR-520a-3p)和 44 个 mRNA (如 ERMP1,IFNLR1)进行调控网络构建,并构建出 44 个调控关系对;GO 和 KEGG 富集分析主要集中在 Integrins in angiogenesis、Angiopoietin receptor Tie2-mediated signaling、Signaling events media...
lncRNA-miRNA-mRNA互作 lncRNA,miRNA,mRNA互作 通过lncRNA获得结合的miRNA（3个miRNA预测数据库中都存在），再获得miRNA作⽤的靶基因mRNA，靶基因mRNA与任⼀肿瘤差异mRNA取交集，交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图，并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mir...
基于这个原理，miRNA-target 双萤光素酶报告基因系统被科研工作者普遍认可，用于验证miRNA与靶基因的直接靶向关系。汉恒生物所使用的萤光素酶报告基因载体psi-CHECK2采用了萤火虫/海肾双萤光素酶双报告基因系统，其中海肾萤光素酶为检测报告基因，而萤火虫萤光素酶则作为内参报告基因。验证miRNA与mRNA/lncRNA/circRNA的...
利用多个数据库,如miRwalk、targetscan、miRbase等,建立以miRNA为中心的互作关系,即分析哪些差异表达的mRNA和lncRNA是哪些差异表达的miRNA的靶基因; 通过CytoScape等网络图搭建软件绘制ceRNA网络,根据相关性、表达变异等信息个性化网络图的呈现形式,原则就是内涵尽量丰富,但要保证清晰、可读性强。
基迪奥成立至今一直致力于为广大科研工作者提供高通量测序服务,王牌产品众多,基于miRNA的联合分析就是其中一份,除了关联mRNA和ncRNA,其他组学的加入,更加丰富了经典的miRNA调控研究内容。今天为大家带来的文章是基迪奥客户近期发表的miRNA+转录组+脂质组联合分析一篇高分好文。
lncRNA因其存在Introns等片段组成,长度可达数千nt,这就为吸附结合大量的miRNA提供了良好的物质基础,通过竞争占有胞内大量的miRNA,像海绵一样缓冲并削减其干涉靶基因mRNA编码蛋白的能力,我们就称这样的lncRNA与mRNA互为ceRNA关系,因此可见,作为关联节点的就是miRNA,它的靶构...