1、MRE在CDS中专门发挥抑制翻译的作用 首先，作者结合其前期Ago2 CLIP-seq数据及文献调研，通过CLASH作图确定HEK293T细胞中与miR-20a互作的DAPK3位点（图4a）。进一步的Western Blot实验结果表明，DAPK3蛋白水平被miR-20a mimic特异性抑制，并被miR-20a antagomir升高（图4b，c）。接下来，为了表征这种不寻常的MRE...
图2 miRNA和mRNA互作网络图 团队对杀虫真菌玫烟色棒束孢侵染的小菜蛾进行了全转录组测序,共鉴定到580个差异表达基因(DEG)和55个差异表达miRNA(DEM)。进一步分析获得28个免疫相关基因,主要为模式识别受体、信号调节剂和免疫效应子。综合...
蛋白互作研究专题 |CENPK和XRCC5的互作研究,带你解构蛋白与蛋白的交互套路 3723 1 21:58 App 【非编码RNA系列】ceRNA调控基础——microRNA与lncRNA 8890 2 8:23 App 【科研知识】lncRNA作用模式详解,你的温柔博士老谈又上线了,生物、医学科研学习,看这个就够了|SCI热门研究 7622 -- 36:53 App 【非编码...
下次有一个互作网络图复现的视频讲解,剧透一个:
lncRNA-miRNA-mRNA互作 lncRNA,miRNA,mRNA互作 通过lncRNA获得结合的miRNA（3个miRNA预测数据库中都存在），再获得miRNA作⽤的靶基因mRNA，靶基因mRNA与任⼀肿瘤差异mRNA取交集，交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图，并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mir...
1:互作基因ID。 2:互作基因名称。 3:互作基因类型。 4:互作位点数量。 5:证实两者互作的实验数量。 6:证实两者互作的高通量测序的种类。 7:表示在实验中观察到的两者互作的样本总量。 8:自由能。 9:根据Smith-Waterman算法评估,收录比对评分大于10分的分析结果。
Starbase可查询miRNA、LncRNA、mRNA相互调控和结合的预测,存储了大量的互作网络结合的miRNA,ceRNA的竞争结合,RNA蛋白结合等数据二、LncRNA与miRNA结合预测 长链非编码RNA(Long-noncodingRNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能. 近年来的研...
小结miRNA与mRNA/lncRNA互作的工具 targetScan 基于文献《Prediction of Mammalian MicroRNA Target 》中的叙述,往往通过miRNA的 seed region(5‘ -> 3' 第2-7个碱基)来鉴定与lncRNA或者mRNA的互作 通常情况下是寻找lncRNA或者mRNA的3’ UTR区与miRNA的 seed region 互补,来判断两条序列是否有互作关系,下面有几...
大多数非蛋白质编码的RNA被鉴定为具有参与细胞内稳态的多种功能。环状RNA(CircRNAs)是一种非编码转录本,在许多生理和病理状态的发生和发展中起着关键作用。高通量RNA测序和生物信息学工具的进步帮助我们确定了几条CircRNA调控途径,其中之一就是microRNA(MiRNA)介导的调控。
现在我们回顾2006年诺贝尔奖的RNAi技术,其核心即是反式RNA互作介导的基因沉默机制,即通过siRNA(小干扰RNA)或miRNA(微小RNA)来抑制特定基因mRNA的表达。 与细胞自身产生miRNA来调控基因不同在于,RNAi技术使用中,外源的siRNA被引入细胞后加载到RNA诱导沉默复合体(RISC)上,与靶标mRNA做到完全匹配,进而导致靶标mRNA降解,最...