小菜蛾响应杀虫真菌感染时miRNA和mRNA在其先天免疫反应中的联合调控机制尚不清楚。 图1 差异表达基因的功能富集分析图 图2 miRNA和mRNA互作网络图 团队对杀虫真菌玫烟色棒束孢侵染的小菜蛾进行了全转录组测序,共鉴定到580个差异表达基...
需求 下表是从miRNA预测工具Funrich软件中导出的数据。 需要整理成: 两列,一列是gene,一列miRNA,每对mRNA-miRNA组合占一行,形如: 思路 1.第二列miRNA进行分割,分隔符为; 2.每个基因对应多少个miRNA,就重复多少次放在第一列。 3.miRNA依次排列即可。 代码实现 输入数据可以自己编一个。也可以在生信星球公众...
miRNA分析教程(四)常用miRNA靶基因预测工具 一、简单介绍miRNA主要通过与靶mRNA的结合,或促使mRNA降解,或阻碍其翻译,从而抑制目的基因的表达。用生物信息学方法准确快速地预测miRNA的靶基因,可以为研究miRNA功能提供线索。 植物mi… 生信狗的修...发表于转录组分析 如何预测miRNA靶基因(miRWalk2.0数据库) 文章发布于简...
5. 构建miRNA-mRNA网络 合并miRNAs与靶基因总集的蛋白质互作关系,从而建立miRNA-mRNA的调控网络。 图5. miRNA-mRNA调控网络。菱形表示miRNA,圆形表示mRNA,红色线条表示miRNA对mRNA的调控关系,蓝色线条为mRNA之间的蛋白质互作关系 6. 预测调控miRNA的转录因子(Transcript Factor) 1)基于调控因子结合位点数据库,利用相应算...
脂肪干细胞成骨分化的转录因子 -miRNA-mRNA 网络分析 背景:脂肪干细胞来源广泛、易于获取,人脂肪组织来源的干细胞进入分化骨细胞涉及基因表达的变化主要受miRNA和转录因子调节,但调节脂肪干细胞成骨分化的转录因子-miRNA-mRNA调控网络尚未建立。 目的:筛选...
图4. 差异miRNA-mRNA互作网络 3、靶向基因功能富集区差异表达的分析 进一步研究DEG-DEM在不同生育性能组之间的作用,对差异miRNA靶向的mRNA进行了GO和KEGG富集分析。GO富集条目包括JAK-STAT对受体信号通路的正向调节、雌激素生物合成过程、雌激素代谢过程和卵巢卵泡发育;KEGG途径富集到与性状相关途径为GnRH信号通路、卵母...
1.Funrich 预测miRNA 软件下载地址 http://funrich.org/download 输入数据 mRNA的gene symbol,这里输入了8个: TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA 输出数据 gene和miRNA的对应关系表格。 使用方法很简单,鼠标点几下就完事。具体可以自己摸索或看视频 ...
图5 差异miRNA靶基因的KEGG pathway分析 图6 miRNA-mRNA互作网络图 q-PCR的验证 为了验证RNA-Seq数据,选择10个DEGs (7个上调基因和3个下调基因)和8个DE miRNA,通过qRT-PCR验证这些RNA的表达。结果显示,所选mRNA和miRNAs的表达与RNA-Seq结果一致(图7)。
我们输入要分析的miRNA或者输入要分析的基因,当然都可以: 然后就会产生有结合的结果了: 你们会看到底下有三个按钮,分别是导出,绘图和GSEA。导出就不用说了,GSEA就是按照结合能力对结合的基因赋值,然后进行GSEA的分析: 主要还是信号通路和GO term。绘图就是形成这么多miRNA和mRNA之间的互作图了: ...
图5 差异miRNA靶基因的KEGG pathway分析 图6 miRNA-mRNA互作网络图 q-PCR的验证 为了验证RNA-Seq数据,选择10个DEGs (7个上调基因和3个下调基因)和8个DE miRNA,通过qRT-PCR验证这些RNA的表达。结果显示,所选mRNA和miRNAs的表达与RNA-Seq结果一致(图7)。