小菜蛾响应杀虫真菌感染时miRNA和mRNA在其先天免疫反应中的联合调控机制尚不清楚。 图1 差异表达基因的功能富集分析图 图2 miRNA和mRNA互作网络图 团队对杀虫真菌玫烟色棒束孢侵染的小菜蛾进行了全转录组测序,共鉴定到580个差异表达基...
2、差异miRNAs和mRNAs整合分析 将鉴定出的DEM和DEG整合为与山羊多羔性状相关的miRNA-mRNA网络。在H与L的比较中预测到了671对miRNA-mRNA靶向关系,具有表达负相关的有386对,这些可能在山羊多羔性状的分子机制中起关键作用。网络中,miR-93-3p是一个核心的miRNA,关联到73对miRNA-mRNA,其中29对呈负相关,另一个重要的...
需求 下表是从miRNA预测工具Funrich软件中导出的数据。 需要整理成: 两列,一列是gene,一列miRNA,每对mRNA-miRNA组合占一行,形如: 思路 1.第二列miRNA进行分割,分隔符为; 2.每个基因对应多少个miRNA,就重复多少次放在第一列。 3.miRNA依次排列即可。 代码实现 输入数据可以自己编一个。也可以在生信星球公众...
背景:脂肪干细胞来源广泛、易于获取,人脂肪组织来源的干细胞进入分化骨细胞涉及基因表达的变化主要受miRNA和转录因子调节,但调节脂肪干细胞成骨分化的转录因子-miRNA-mRNA调控网络尚未建立。 目的:筛选脂肪干细胞成骨分化过程中的差异表达基因、差异表达miRN...
miRNA分析教程(四)常用miRNA靶基因预测工具 一、简单介绍miRNA主要通过与靶mRNA的结合,或促使mRNA降解,或阻碍其翻译,从而抑制目的基因的表达。用生物信息学方法准确快速地预测miRNA的靶基因,可以为研究miRNA功能提供线索。 植物mi… 生信狗的修...发表于转录组分析 如何预测miRNA靶基因(miRWalk2.0数据库) 文章发布于简...
5. 构建miRNA-mRNA网络 合并miRNAs与靶基因总集的蛋白质互作关系,从而建立miRNA-mRNA的调控网络。 图5. miRNA-mRNA调控网络。菱形表示miRNA,圆形表示mRNA,红色线条表示miRNA对mRNA的调控关系,蓝色线条为mRNA之间的蛋白质互作关系 6. 预测调控miRNA的转录因子(Transcript Factor) 1)基于调控因子结合位点数据库,利用相应算...
1.Funrich 预测miRNA 软件下载地址 http://funrich.org/download 输入数据 mRNA的gene symbol,这里输入了8个: TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA 输出数据 gene和miRNA的对应关系表格。 使用方法很简单,鼠标点几下就完事。具体可以自己摸索或看视频 ...
③这里我们演示miRNA-mRNA interactions的示例 数据库优化: Starbase可查询miRNA、LncRNA、mRNA相互调控和结合的预测,存储了大量的互作网络结合的miRNA,ceRNA的竞争结合,RNA蛋白结合等数据二、LncRNA与miRNA结合预测 长链非编码RNA(Long-noncodingRNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类...
3、查询多种癌症中共同存在的miRNA-mRNA互作网络(microRNA to Pan-cancer) 向下滑动显示更多图片 4、绘制特定癌症项目中感兴趣的基因/micoRNA调控网络(Dataset to Network) 向下滑动显示更多图片 本项分析需要通过点击右上角的Quest History,输入上述得到Quest ID来提交任务。
ENCORI (The Encyclopedia of RNA Interactomes) 是一个集成数据库,主要致力于提供 RNA 分子间的互作信息,尤其是 miRNA、lncRNA、mRNA 等之间的互作数据。 ENCORI 的主要特点和功能: RNA 互作网络:ENCORI 提供了多种 RNA 分子之间的互作信息,包括 lncRNA-miRNA、miRNA-mRNA、mRNA-mRNA 等。研究者可以通过这些数...