miRNA的作用机制主要表现为降解或抑制靶基因的表达。常用的microRNA数据库和预测软件很多,这里我们继续介绍权威性microRNA数据库的查询方法。 1 microrna(miRanda)数据库 1.进入主页,网址http://www.microrna.org/ microrna/home.do。点击miRNA,可以预测...
miRNA的作用机制主要表现为降解或抑制靶基因的表达。常用的microRNA数据库和预测软件很多,这里我们继续介绍权威性microRNA数据库的查询方法。 1 microrna(miRanda)数据库 1.进入主页,网址http://www.microrna.org/ microrna/home.do。点击miRNA,可以预测相应靶基因。点击Target mRNA,可以输入基因名称预测可能结合microR...
1microrna(miRanda)数据库 1.进入主页,网址http://www.microrna.org/ microrna/home.do。点击miRNA,可以预测相应靶基因。点击Target mRNA,可以输入基因名称预测可能结合microRNA。比如输入microRNA名称has-mir-21,选择物种,homo sapiens。2.进入可看到如下界面,选择view targets,查看靶基因列表。3. 以下便是has-...
Wang 等人使用 RNA 测序检查了 FDM 和正常对照豚鼠的 RGCs 中长链非编码 RNA(lncRNAs)和 mRNAs 的表达谱。随后,基于 miRanda 数据库中的不同表达 lncRNAs、mRNAs 和 miRNAs 构建了一个全面的竞性内源性(ceRNA)网络。在 FDM 和正常对照豚鼠的 RGCs 中,通过 qRT...
miRanda主要从miRNA与mRNA UTR序列互补性、双链的热稳定性以及靶位点的保守性三个方面进行miRNA的靶基因预测分析。针对人、大小鼠、果蝇及线虫提供miRNA靶基因预测、根据基因预测miRNA等。需选择物种,输入需要查找的miRNA,查看对应的靶基因,同时可跳转到miRBase数据库中查看。But该数据库自2010年11月之后再未更新。
miRanda主要从miRNA与mRNA UTR序列互补性、双链的热稳定性以及靶位点的保守性三个方面进行miRNA的靶基因预测分析。针对人、大小鼠、果蝇及线虫提供miRNA靶基因预测、根据基因预测miRNA等。需选择物种,输入需要查找的miRNA,查看对应的靶基因,同时可跳转到miRBase数据库中查看。But该数据库自2010年11月之后再未更新。
miRanda-rel2010mirBridge miRDB4.0miRmap miRNAMapdoRiNA PicTar2PITA RNA22v2 RNAhybrid2.1…… 02 鉴别靶基因类型 可供参考的microRNA生物信息数据库很多,搜索到具体的靶基因同样很多。 那在实验体系下如何去证明影响了哪一种呢? 接下来给大家介绍一些常见的方法。
动物miRNA的靶相互作用的数据库,包括人工收集实验验证的,预测的miRNA的靶目标。靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS. 3、PMRD 网站链接:http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ ...
Enright等建立的miRanda法是第二个公布的miRNAs靶标预测法。其编程原理依据主要是：通过得分矩阵计算出互补程度大小，寻找互补性最高的3’UTRs；利用vien-naRNA计算miRNAs和靶标复合体热力学稳定性，并淘汰不能形成双连体的假阳性靶标。TargetScan为了在预测的开始过程排除假阳性，首先要求seed严格配对，延伸序列直到不...
33.miRTarBase:http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。 34.miRanda:http://www.microrna.org/microrna/home.domiRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛,不受物种限制,同时提供了 windows,linux,和macintosh多平台版本...