随着对RNA甲基化修饰,尤其是m6A修饰在细胞功能中作用的深入理解,MeRIP-seq技术已成为研究这一领域的重要工具。从常规MeRIP-seq到微量MeRIP-seq的优化,这一技术的应用范围不断扩大,为珍稀样本的研究提供了可能。此外,MeRIP-qPCR、SELECT法和OCPDIA法等后续验证技术的应用,进一步提高了我们对m6A修饰位点的认识精度。这些...
m6A修饰是动态可逆的,包括甲基化转移酶(Writers)如METTL3介导的m6A的添加、去甲基化酶(Erasers)如FTO介导的m6A的去除以及甲基化阅读蛋白(Readers)如YTHDF2介导的m6A甲基化的识别,对m6A修饰调控机制的的研究有助于我们深入了解RNA甲基化修饰的生物学功能和作用机制。 MeRIP-seq(m6A-seq)是在全转录组水平上鉴定m6A修...
选择已知 m6A 修饰的功能基因作为潜在目标转录本,筛选标准包括转录本的 RPKM 值在m6Amerip-seq中大于 300 以及在目标转录本特定区域只识别出一个 m6A 峰位点,据此选了 GhECA1(其 3' UTR 中有单个 m6A 位点)和 GhDi19(其 5' UTR 中有特异性 m6A 峰位点)作为目标转录本,还通过 “SELECT” 方法确认目标区域...
merip-seq技术通过特异性的抗m6A抗体结合m6A修饰的RNA,然后进行测序分析,从而实现对m6A修饰的识别和定位。 1. m6A修饰的原理 m6A修饰是一种在RNA分子中常见的化学修饰形式,它是通过甲基转移酶复合物在RNA分子上的特定位置N6位甲基化而成。m6A修饰在调控RNA的稳定性、转录和翻译过程中起着重要作用,对于细胞的功能和...
本研究鉴定了大约克猪(Large White, LW)和宁乡猪(Ningxiang, NX)不同品种新生仔猪肌肉发育过程中的差异表达基因,并通过MeRIP-seq绘制了m6A甲基化模式。研究结果表明,m6A修饰在肌肉发育的新生仔猪阶段调控肌肉细胞发育、肌原纤维、细胞周期和磷酸酶调节活性。且LW和NX猪中差异表达基因主要富集在参与蛋白质合成通路中。对...
技术平台:RNA-seq、RIP/meRIP-seq、 LACE-seq等 本研究从大量AEG患者的m6A调控因子表达谱中发现,与配对的正常邻近组织相比,IGF2BP3是AEG肿瘤中蛋白表达上调最显著的m6A调控因子。沉默IGF2BP3可以在在体外和体内抑制AEG进展。通过对AEG中IGF2BP3的全转录组靶标和m6A甲基化组分析结果表明,IGF2BP3介导的m6A修饰靶...
二、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验流程 从样品处理到最终数据获得中每一个环节都会对数据质量和数量产生影响,而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性,需对样品处理、建库、测序每一个生成步骤都严格把控,从根本上保证了高质量数据的产出。流程图如下: ...
关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应...
m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。 1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么...
技术平台:MeRIP-Seq分析、RNA-seq 结果图形 (1)LW和NX猪在肌肉发育新生仔猪阶段的差异 图1:5日龄NX猪和LW猪背最长肌特征。 (2)m6A修饰调控猪肌肉发育 图2:m6A修饰参与调控肌肉发育。 (3)mRNA m6A修饰在LW和NX猪肌肉中的整体表征 图3:mRNA m6A甲基化在LW和NX猪肌肉中的整体特征。