前文链接: 苏点点:Clustal/Muscle+trimAI+IQ-tree:构建更准确的系统进化树(docker)17 赞同 · 5 评论文章 考虑到大家不会用linux指令执行IQ-tree自动选择最佳模型构建进化树,这里简单介绍一下如何利用MEGA-X计算最佳的模型进行建树。 重点:MEGA-X计算模型所需时间较久,不适合大量比对后的序列,一般最好限制在20条...
1224 1 11:56 App NEGA11构建系统进化树(全套流程) 1093 1 1:26 App MEGA11进化树构建 2万 10 1:43:36 App 细菌基因组构建进化树 4万 98 11:38 App NCBI下载序列,mega构建分子进化树 2440 -- 2:14 App mega构建系统进化树 1475 1 23:47 App 使用MEGA等软件构建进化树 7000 1 2:23 ...
Mega-x构建进化树-window 1.前期准备 从NCBI上下载需要的序列(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)或者Uniprot(http://www.uniprot.org/),一般使用protein序列,合成fasta格式文件。 下载MEGA软件,本次使用MEGA-X。 2.序列比对 多序列比对:打开MEGA,点击File→Open A File/Session…→找到自己要比对的序...
MEGA-X的官网网址是https://www.megasoftware.net/,它支持在Windows、MacOS 以及Linux 系统下运行,有图形界面和命令行两个版本可供选择,支持64 位和32 位,与之前的版本比较,MEGA-X最大的特点是大数据运算能力增强,并且支持多种计算平台。 今天主要介绍的是在MEGA-X图形界面下构建系统发育树并且对发育树进行美化。
MEGA-X在构建进化树时，特别适合小型序列集，因其对大规模比对的处理速度较慢。以下是使用该工具的步骤概要：1. 准备一个包含少于20条蛋白质序列的fasta格式文件。2. 导入序列并执行比对。3. 完成比对后，进入"phylogenetic analysis"模块。4. 点击"MODELS"图标，开始计算最佳模型，这个过程可能需要较长...
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将选中的这些序列都导出来,命名为Rickettsia 16S,由于导出后是txt文件,将后缀改为.fasta格式,才能导入MEGA-X软件 图三 二、MEGA-X软件进行序列比对及初步构建进化树 打开MEGA-X软件,没有下载的可以前往软件网站:https://www.megasoftware.net/进行下载安装。
软件下载:https://www.megasoftware.net/ 1、数据输入 2、进化树构建 这就画出来了 调整成圆形 有点多哈 此外这次分析的蛋白质序列,大概这个样子
分子进化遗传学分析(英语:Molecular Evolutionary Genetics Analysis,缩写MEGA)是一个生物信息学软件,可通过分子演化统计学分析建立系统发生树,最初由宾夕法尼亚州立大学的根井正利团队开发。该软件免费,入手难度低,功能强大,适合生物进化研究初学者使用。目前Mega 已经更新到第十版,称为Mega X。下载地址https://www....
(1)准备序列文件: (2)构建进化树: 打开MEGAX软件,加载序列文件: 序列比对:Alignment Explorer窗口,进行多序列比对,方法选clustalW,如下图 序列比对参数设置: 建树及其参数设置:在主界面点击PHYLOGENY按钮,选择建树的方法(这里用NJ法)进行建树。 建树结果: (3)...