构建进化树的过程可以分为三个主要步骤:收集序列数据、进行多序列比对、利用比对结果建立进化树。以下是基于MEGA11.0.13软件的详细步骤: 1.收集序列数据 本文以SOCS1基因为例,通过NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/获取尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、斑点雀鳝(Lepisosteus oculatus)、青鳉(Oryzias latipes)、红...
通过进化树我们可以揭示生物进化历史、推断分类学关系、预测生物学特征等,在生物学中很常用,今天小果来分享一下用MEGA构建进化树的方法。 构建进化树的过程可以分为三个主要步骤:收集序列数据、进行多序列比对、利用比对结果建立进化树。以下是基于MEGA11.0.13软件的详细步骤: 1. 收集序列数据:本文以SOCS1基因为例,通...
2.2 重新构建进化树 序列处理完成后,按照上面的方法重新构建进化树,这样就得到了我们的进化树2.0版本。看起来好看多了! 3.进化树3.0版本 MEGA软件本身提供了很多进化树编辑的工具,在生成进化树的Tree Explorer窗口提供了多种小工具,这里仅列举几种。 3.1 改变进化树形状 上面一排有两个树形的按钮,可用于改变进化树...
8 打开后MEGA进行序列比对分析，根据比对结果可通过Edit对序列进行编辑 9 分析好后点击Date菜单下的Phylogentic Analysis进行构象树分析 10 然后在主菜单上点击Analysis点击Phylogeny，在选择第二个选项并确定。点击Compute进行比对构建构象树 11 下面是比对的结果 ...
“MEGA是一款免费的生物信息学软件,可以用于分子进化的各个方面,包括序列比对、构建进化树、分子时钟分析、种群遗传学、序列分类等。除了一般的序列文件,MEGA还可以用于处理分子标记数据、SNP数据、基因组数据等。MEGA的界面友好,使用起来方便,同时还提供了广泛的教学资源和帮助文档。因此,MEGA被广泛应用于生物学、生物信...
MEGA 构建进化树 网络上关于构建进化树的教程非常多,这里只挑重点部分讲解。 常见算法:Neighbor-Joining、Maximum Likelihood 1. 参数设置: 图片.png 图片.png Test of Phylogeny:建树的检验方法 常用Boot strap method(步长检验) 是根据所选的建树方法,计算并绘制指定次数棵系统发育树。大多数建树方法的核心算法都是...
1、下面以MEGA7为例来进行讲解,下面是下载地址,大家根据自己的系统进行下载即可。 http://www.megasoftware.net/ 2、序列的准备,必须是fasta结尾的格式,其他像txt格式,软件不能识别,以下以拟南芥SPL15基因的蛋白序列为例,进行同源序列查找 >NP_191351.1SPL15[organism=Arabidopsis thaliana][GeneID=824961]MELLMCSGQ...
1 在将上述基因序列保存好了之后，开始构建基因进化树。首先在网上寻找到MEGA6.0的软件，并将其下载下来，如图所示文件夹。2 打开MEGA6的文件夹，找到MEGA6.06 exe，运行软件，弹出如图所示。3 点击表头的Align，点击edit/Build Alignment,弹出如下对话框。点击ok。4 完成上述步骤后，弹出如下对话框，选择DNA，弹出...
MEGA5.0 方法/步骤 1 新建一个TXT格式的文档 2 打开文档，把需要构建分子进化树的基因序列的FASTA格式序列复制粘贴到TXT文档中，并保存。3 将文本文档的后缀“TXT”更改为“fasta”,如下图所示。4 双击fasta文件，由MEGA5.0打开，如图 5 单击W图标中的“Align DNA”,会提醒你选择序列，单击确定即可，如下图 ...
第一步：搜集尽可能多的目标基因序列，包括核苷酸序列或氨基酸序列，理想的结果应包含15-20个物种，最初可以搜集30个序列作为备选。第二步：从数据库下载的FASTA格式的序列保存在一个txt文件中。第三步：将txt文件的后缀名改为fas。（建议复制一个副本，便于后续建树时删除不可用的序列。）第四步：在...