随后等待执行结束,即可发现序列都对齐了 得到比对好的结果,则可以进行进化树构建 点击Data 菜单,选择 Phylogenetic Analysis 让 Mega 自动转换好文件格式,随后关闭窗口即可。此时会回到 MEGA 主窗口 选择Analyses ,选择 Phylogeny 中的某一项,即可开始建树 构建NJ 树 选择构建 NJ 树(作为示例),一般 NJ 树按照默认参数...
8 打开后MEGA进行序列比对分析，根据比对结果可通过Edit对序列进行编辑 9 分析好后点击Date菜单下的Phylogentic Analysis进行构象树分析 10 然后在主菜单上点击Analysis点击Phylogeny，在选择第二个选项并确定。点击Compute进行比对构建构象树 11 下面是比对的结果 ...
4、构建进化树 在主界面点击PHYLOGENY(树状图标)➡选第二个NJ邻接法建树 *最大似然法 (Maximum Likelihood) 和邻接法 (Neighbor-Joining) 是两种常见的建树方法两种方法之间的主要区别在于,最大似然法需要计算所有可能的树形状,因此对于大型数据集来说计算量很大,并且可能会受到计算资源的限制。而邻接法则是一种启发...
常用Boot strap method(步长检验) 是根据所选的建树方法,计算并绘制指定次数棵系统发育树。大多数建树方法的核心算法都是统计概率模型,所以每次算出的数都会有所差别,用Boot strap method检验方法,建好的系统发育树上每个节点上都会标记一个数字,代表了指定次数次计算所得出的系统发育树中有百分之几的树都有这一节点。
该进化树是基于贝叶斯方法得到的,我们考虑使用MEGA软件中的NJ法建树,并比较两种方法建树的差别。 下载基因数据 由于该树是通过比较cytb基因建立的,因此我们需要从NCBI中下载我们感兴趣的物种的cytb基因序列,下载要求如下: 1)从NCBI,下文章里Table2的cytb基因序列,所有数据; ...
1.进化树1.0版本 上一期已经给大家介绍根据基因或者蛋白ID在NCBI上进行BLAST并下载FASTA序列,然后将序列导入MEGA软件中进行比对,最后生成.meg的序列比对文件。 那么用这个文件是不是就能构建进化树呢,当然可以。方法也很简单,单击菜单【File】→【Open A File/Session】,打开上述.meg文件,点击工具栏中的【PHYLOGENY】...
基因进化树的构建和美化(中) 【多序列比对与MEGA构建进化树】 2442 -- 2:14 App mega构建系统进化树 1.2万 -- 1:11 App mega软件 比例尺 标尺 scale设置 2948 -- 1:53 App 如何使用Mega软件绘制遗传距离进化树(聚类分析) 4429 -- 1:44 App 用MEGA-X软件构建系统进化树 5170 5 17:05 App 如...
基因进化树的构建和美化(中) 【多序列比对与MEGA构建进化树】 1330 -- 1:22 App MEGA 11 构建进化树工具 安装包下载安装超简单,电脑小白也会 1194 1 11:56 App NEGA11构建系统进化树(全套流程) 2.5万 8 10:57 App MEGA11构建及美化系统发育树 1089 1 1:26 App MEGA11进化树构建 1425 2 10:39...
“MEGA是一款免费的生物信息学软件,可以用于分子进化的各个方面,包括序列比对、构建进化树、分子时钟分析、种群遗传学、序列分类等。除了一般的序列文件,MEGA还可以用于处理分子标记数据、SNP数据、基因组数据等。MEGA的界面友好,使用起来方便,同时还提供了广泛的教学资源和帮助文档。因此,MEGA被广泛应用于生物学、生物信...
1、.如何用MEGA构建进化树MEGA3.1是一个关于序列分析以及比较统计的工具包,其中包括有距离建树法和MP建树法;可自动或手动进行序列比对,推断进化树,估算分子进化率,进行进化假设测验,还能联机的Web数据库检索。下载后可直接使用,主要包括几个方面的功能软件:i)DNA和蛋白质序列数据的分析软件。ii)序列数据转变成距离...