(1)打开MEGA软件。点击Align→Edit/Build Alignment→create a new alignment→OK→DNA/Protein; (2)之后会弹出来这样的界面,点击左边红框里的按钮导入文件,全选之后点击右边序列对比快捷键,进行序列对比; (3)所有的参数默认,进行序列比对; (4)保存比对结果,保存为mas文件。 构建进化树 (1)点击Phylogeny按钮,一般...
第二步:打开MEGA,本教程使用MEGA7.0版本,将刚才的fas格式文件拖拽到MEGA首页即可; 弹出以下窗口,点击Align; 弹出以下窗口,选中全部序列(Ctrl+A),序列颜色改变代表全部选中,点击肌肉(MUSCLE)的图标,也可以选旁边的W(Clustal W),两者都可以用,只比对所用的算法不同; 导出比对结果,点击Data→Export Alignment→MEGA F...
1、下面以MEGA7为例来进行讲解,下面是下载地址,大家根据自己的系统进行下载即可。 http://www.megasoftware.net/ 2、序列的准备,必须是fasta结尾的格式,其他像txt格式,软件不能识别,以下以拟南芥SPL15基因的蛋白序列为例,进行同源序列查找 >NP_191351.1 SPL15 [organism=Arabidopsis thaliana] [GeneID=824961] MELL...
构建进化树需要两步,第一步在ncbi网站上搜集与你的目的基因同源性高的序列,下载下来。第二步是将数据导入mega软件,经过算法分析,软件会帮你构建出来进化树。你就可以把图片copy下来,放到你的论文里了。 构建系统发育树常见的方法有: 1、最大似然法(maximum parsimony method, ML) 最大似然法最准确,缺点是计算量...
基因进化树的构建和美化(中) 【多序列比对与MEGA构建进化树】 6.9万 178 11:38 App NCBI下载序列,mega构建分子进化树 1616 1 11:56 App NEGA11构建系统进化树(全套流程) 1.6万 1 03:30 App 【科研】使用MEGA X进行多序列比对,构建系统进化树。 1.3万 0 01:11 App mega软件 比例尺 标尺 scale设置 3652...
，以邻接法（NJ）为例。第九步：设置参数，Bootstrap值通常为1000，自展检验值一般要大于100，参考值500或1000；氨基酸模型可选p-distance或poisson model，点击Compute。第十步：建好树后，可能需要使用MEGA提供的工具进行调整。第十一步：圈出的数值为可信度值，通常要大于70，才能将该序列纳入建树。
今天,就让我们一起来看看如何用MEGA软件构建一个进化树吧!🎉 📚构建进化树的过程其实可以分为三个主要步骤: 1️⃣ 首先,我们需要收集相关的序列数据。这些数据是构建进化树的基础,所以一定要确保数据的准确性和完整性哦! 2️⃣ 接下来,就是对收集到的序列数据进行多序列比对。这个过程可以帮助我们更好...
1.打开MEGA4软件 2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL 3.在弹出的窗口中选择create a new alignment 4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析 输入序列什么的就不说了 5.采用菜单栏Alignment中的Align by ClastalW 6.利用默认参数进行多序列比对 7.点击Data菜单栏中的Exit AlnExplorer 8...
1、用MEGA5.1和和Clustalx1.83构建进化树组员:汤宏赤 曾伟 董明右 构建进化树的意义n进化树:用来表示物种之间的进化关系,又称“系统树”、“系谱树”。根据各类生物间的亲缘关系的远近,把各类生物安置在有分枝的树状的图表上,简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。 n意义:研究从单细胞有机体到多细胞有机体的生物...
【系统发育树构建】-2进化树分类 Happy_Jekyll 16:15 系统进化树外圈制作 彪彪的超 2.9万6 如何理解系统发生树/系统发育树? 育空狼小孩 【科研】使用MEGA X进行多序列比对,构建系统进化树。 祁超越 如何快速建立菌株16S系统发育树 acc合酶 Fool酱