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构建进化树 (1)点击Phylogeny按钮,一般常见的树有两种:Maximum Likehood Tree和Neighbor-Joining Tree,这里我们选择后者举例。导入比对好的序列会出现下图左边的两个图标。敲黑板下一步一定要设置的参数,选择Bootstrap,并设置为1000; (2)运行,这个过程需要等待; (3)大功告成,点击下面红框里面的按钮可以进行调整。
构建进化树的算法主要分为两类:独立元素法(discrete character methods)和距离依靠法 (distance methods)。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸 的状态决定的(例如:一个序列上可能包含很多的酶切位点,而每个酶切位点的存在与否是 由几个碱基的状态决定的,也就是说一个序列碱基的状态决...
用MEGA构建进化树有以下步骤: 1、测序: 将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。 2、NCBI上做Blast /blast/Blast.cgi 找到相似度最高的几个序列,确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属,如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个,然后寻找相似性最高的细菌,通常把该属的序列(...
1.打开MEGA4软件 2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL 3.在弹出的窗口中选择create a new alignment 4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析 输入序列什么的就不说了 5.采用菜单栏Alignment中的Align by ClastalW 6.利用默认参数进行多序列比对 7.点击Data菜单栏中的Exit AlnExplorer 8...
如何用MEGA构建进化树 这个问题还是很easy的MEGA 41.打开MEGA4软件2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL3.在弹出的窗口中选择create a new alignment4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析 输入序列什么的就不说了5.采用菜单栏Alignment中的Align by Clas
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树 收藏 分享 下载 举报 用客户端打开
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树_生物学_自然科学_专业资料。{code:InvalidRange,message:The requested range cannot be satisfied.,requestId:5b893d68-39da-42b9-b3b {code:InvalidRange,message:The requested range cannot be satisfied.,requestId:5b893d68-39da-42b9-b3b1-30f608317192} ...
如何用MEGA和Clustalx构建进化树序列比对建议用ClustalX建NJ或MP树,用MEGA就可以了,非常方便若要建ML树推荐用phyML建Bayes树推荐用Parallel MrBayes @ BioHPC如果不是专业建树的话,MEGA足够用了,建议参考下面这
+4 brightwo 2024-11-14 4/200 2024-11-15 14:18 by gazi1111 [教师之家] 评正教授需要两个国家级项目,有人用子课题糊弄,结果在评审前资格公示时被举报拿下了 +21 瞬息宇宙 2024-11-12 30/1500 2024-11-15 14:10 by sh0210210327 [有机交流] 二甲胺的使用 20+5 太阳谷 2024-11-14 13/650...