将txt文件后缀改为fas.(这一步我一般会复制一个副本,以便后面建树要删除一些不可用的序列) 第二步:打开MEGA,本教程使用MEGA7.0版本,将刚才的fas格式文件拖拽到MEGA首页即可; 弹出以下窗口,点击Align; 弹出以下窗口,选中全部序列(Ctrl+A),序列颜色改变代表全部选中,点击肌肉(MUSCLE)的图标,也可以选旁边的W(Clustal ...
构建进化树需要两步,第一步在ncbi网站上搜集与你的目的基因同源性高的序列,下载下来。第二步是将数据导入mega软件,经过算法分析,软件会帮你构建出来进化树。你就可以把图片copy下来,放到你的论文里了。 构建系统发育树常见的方法有: 1、最大似然法(maximum parsimony method, ML) 最大似然法最准确,缺点是计算量...
3、导入蛋白序列,点击File菜单栏导入或者直接拖进MEGA7软件都可以 以上任一种形式都可以。 4、多序列比对,导入成功后如下图所示。 选择Alignment > Align by ClustalW > OK > 默认参数 比对后的结果如下图: 5、系统进化树构建,选择NJ法进行构建系统进化树 6、结果展示 第一种,步长树 第二种步长对齐树 其他...
导入蛋白序列时，可以从File菜单栏导入或直接拖入软件。接下来，进行多序列比对，使用ClustalW方法，设置默认参数。比对后，选择NJ法构建系统进化树，生成步长树和步长对齐树等不同形状的树。最后，记得保存nwk树文件，并将其导入其他工具进行美化展示。尽管本文未提及具体步骤，但生信漫谈公众号提供了丰富的...
如何运用“生物信息学”研究某个蛋白?——去除相似度高的蛋白序列+MEGA构建进化树双系统安装Linux系统安装cd-hit去除相似度高的蛋白序列MEGA构建进化树, 视频播放量 6481、弹幕量 9、点赞数 145、投硬币枚数 67、收藏人数 288、转发人数 53, 视频作者 I_am_Becky, 作者简介
如何用MEGA5.2构建病毒CP序列遗传进化树? 已经有6人回复 求助 我第一次做系统进化树,用BLAST做的 不知道什么意思,大神能否给分析一下 已经有3人回复 求大神帮助小弟构建一下这个菌株序列的进化树 已经有5人回复 如何使用 PhyML构建进化树??? 已经有3人回复 MEGA软件做系统进化树 已经有5人回复 急~用MEGA构建...
1、下面以MEGA7为例来进行讲解,下面是下载地址,大家根据自己的系统进行下载即可。 http://www.megasoftware.net/ 图片 图片 2、序列的准备,必须是fasta结尾的格式,其他像txt格式,软件不能识别,以下以拟南芥SPL15基因的蛋白序列为例,进行同源序列查找 >NP_191351.1 SPL15 [organism=Arabidopsis thaliana] [GeneID=...
1、下面以MEGA7为例来进行讲解,下面是下载地址,大家根据自己的系统进行下载即可。 http://www.megasoftware.net/ 2、序列的准备,必须是fasta结尾的格式,其他像txt格式,软件不能识别,以下以拟南芥SPL15基因的蛋白序列为例,进行同源序列查找 >NP_191351.1SPL15[organism=Arabidopsis thaliana][GeneID=824961]MELLMCSGQ...
1、下面以MEGA7为例来进行讲解,下面是下载地址,大家根据自己的系统进行下载即可。 http://www.megasoftware.net/ 2、序列的准备,必须是fasta结尾的格式,其他像txt格式,软件不能识别,以下以拟南芥SPL15基因的蛋白序列为例,进行同源序列查找 >NP_191351.1SPL15[organism=Arabidopsis thaliana][GeneID=824961]MELLMCSGQ...
用MEGA构建系统发育树 凤涯 285 0 03:52 「教程」TNT 一步建树:最大简约法建树,形态系统发育树 etc. FOSSing月季 809 0 03:15 如何构建系统发育树 科易课堂 2550 1 4:06:05 MEGA使用指导 Bioinfodiary 1.4万 3 12:24 系统发育树(分子进化树)绘制 虾仁小面条 2658 0 03:26 Mega软件...