ChIP-seq ChIP-seq,全名Chromatin Immunoprecipitation,中文名“染色体免疫共沉淀技术”。主要用来研究蛋白质和DNA的相互作用。具体来说,就是确定特定蛋白是否结合特定基因组区域,或者基因组上是否有与组蛋白修饰相关的特定位点。ChIP-seq的大致流程:1. 将蛋白交联到DNA上,其实就是让蛋白和DNA结合,让我们可以找到互作位点...
sourceactivate chip-seq#切换到自己建立的chip-seq环境(python2)cd～/chip-seq/rawdata/class2#先转到样本路径ls *R1*gz|whilereadid#不要用ls 样本路径/*gz,因为这样headname会包括路径名doheadname=${id%_R*}#因为不同样本名字前缀不同,用headname代替样本名字前缀nohup cutadapt\-a AGATCGGAAGAGCACACGTCT...
Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。 如下图所示,比对结果的文件中reads在正负链不均匀分布,但在结合位点聚集。正负链5‘末端的reads各形成一组合,通过统计学的方法评估这些组合的分布并和对照组比较,确定这些结合位点是否是显著的。 NOTE:ChIP-seq的分析方法可以鉴定两种类型...
在ChIP-seq实验中,测序深度数据是衡量蛋白质与DNA结合强度的重要指标。Macs2 bdgdiff就是用来比较两个ChIP-seq实验的测序深度数据,找出两者之间的差异。 Macs2 bdgdiff的原理是基于两个重要的统计模型:基因组均一性模型和差异性模型。基因组均一性模型假设两个实验之间的测序深度分布是相同的,差异性模型则假设两个实...
为了方便在IGV上查看ChIP-seq的结果和后期的可视化展示,所以我们需要把macs2的结果转化为bw提供给IGV.一共分为三步 第一步: 使用bdgcmp得到FE或者logLR转化后的文件(Run MACS2 bdgcmp to generate fold-enrichment and logLR track) 1.macs2 bdgcmp -t H3K36me1_EE_rep1_treat_pileup.bdg -c H3K36...
要在conda环境中安装MACS2(Model-based Analysis of ChIP-Seq),你可以按照以下步骤操作: 打开命令行终端: 首先,打开你的命令行终端。这可以是你的系统自带的终端(如macOS的Terminal或Linux的Terminal),或者你也可以使用Anaconda Prompt(如果你在使用Windows)。 输入安装命令: 在命令行终端中,输入以下命令来安装MACS2...
ChIP-Seq数据分析笔记 1.数据预处理(FastQC分析和Trimmomatic处理) 以一套已经发表的拟南芥C2H2转录结合因子的ChIP-Seq数据练习: 数据来源:https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-GEOD-60011/samples/ 将这套数据下载到本地后,再通过FileZilla传到服务器中相应的文件夹: ...
Macs2是一种用于调用染色质免疫沉淀(ChIP)测序数据中峰值的工具。它使用统计学原理来确定哪些区域在样本中具有显著的信号增加。 Macs2使用了两个主要的统计学原理:泊松分布和负二项分布。 1.泊松分布:在ChIP-Seq数据中,基因组上的峰值数量服从泊松分布。Macs2通过计算每个基因组区域上的峰值数量来评估其在样本中是否...
ChIP-seq ~200bp Controlsample:“Input”or“IgG”-Input:sonicatedchromatinwithoutimmunoprecipitation-IgG:“unspecific”IP 36-50bp Typicallymillionsofreadspersample Park,NatRevGenetics,2009 MACS2 •Model-basedAnalysisofChIP-Seq•OriginalversionpublishedbyYongZhangandTaoLiufromthelabofX.ShirleyLiuattheDana-...
peaks calling 有不同的方法，MACS2是最常用的call peaks工具。 MACS全称Model-based Analysis of ChIP-Seq ，最初的设计是用来鉴定转录因子的结合位点，但是它也可以用于其他类型的富集方式测序。 MACS通过整合序列标签位置信息和方向信息提高结合位点的空间分辨率。MACS的工作流如下所示：MACS2的用法...