为了方便在IGV上查看ChIP-seq的结果和后期的可视化展示,所以我们需要把macs2的结果转化为bw提供给IGV.一共分为三步 第一步: 使用bdgcmp得到FE或者logLR转化后的文件(Run MACS2 bdgcmp to generate fold-enrichment and logLR track) 1.macs2 bdgcmp -t H3K36me1_EE_rep1_treat_pileup.bdg -c H3K36...
Macs2 bdgdiff就是用来比较两个ChIP-seq实验的测序深度数据,找出两者之间的差异。 Macs2 bdgdiff的原理是基于两个重要的统计模型:基因组均一性模型和差异性模型。基因组均一性模型假设两个实验之间的测序深度分布是相同的,差异性模型则假设两个实验之间的测序深度分布存在差异。Macs2 bdgdiff通过比较这两个模型的拟合...
建议ChIP-seq数据集这个值保持默认值为0,对于检测富集剪切位点如DNAsel数据集设置为EXTSIZE的一半。示例: 想找富集剪切位点,如DNAse-seq,所有5'端的序列reads应该从两个方向延伸,如果想设置移动的窗口是200bp,参数设置如下:--nomodel --shift -100 --extsize 200 对nucleosome-seq数据,用核小体大小的一半进行ex...
要在Linux系统上安装MACS2(Model-based Analysis of ChIP-Seq),你可以按照以下步骤操作: 1. 确认系统环境和版本(Linux) 确保你正在使用的是一个兼容的Linux发行版。MACS2通常可以在大多数主流的Linux发行版上运行。 2. 安装MACS2的依赖包 MACS2依赖于Python和几个Python库。你可以使用包管理器来安装这些依赖项。
1.泊松分布:在ChIP-Seq数据中,基因组上的峰值数量服从泊松分布。Macs2通过计算每个基因组区域上的峰值数量来评估其在样本中是否具有显著的信号。 2.负二项分布:Macs2还使用负二项分布模型来建立一个峰值模型,该模型描述了在样本中预期的峰值数量。该模型可以利用ChIP-Seq数据的特征(例如峰值宽度和信号强度)来更好...
ChIP-seq ~200bp Controlsample:“Input”or“IgG”-Input:sonicatedchromatinwithoutimmunoprecipitation-IgG:“unspecific”IP 36-50bp Typicallymillionsofreadspersample Park,NatRevGenetics,2009 MACS2 •Model-basedAnalysisofChIP-Seq•OriginalversionpublishedbyYongZhangandTaoLiufromthelabofX.ShirleyLiuattheDana-...
专题目录第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同第2篇:原始数据的质控、比对和过滤 学习目标 学会用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的结果 1 Peak Calling Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。 如下图所示,比对结果的文件中reads在正负链不均匀分布,但在...
1、ChIP-seq analysis with MACS2Tips and tricks,Sami Heikkinen, PhD Docent in Molecular Bioinformatics Institute of Biomedicine, UEF,Schmidt et al, Methods, 2009,ChIP-Seq simplified,Where?,Park, Nat Rev Genetics, 2009,From binding to binding sites,Typically millions of reads per sample,Park, ...
为了方便在IGV上查看ChIP-seq的结果和后期的可视化展示,所以我们需要把macs2的结果转化为bw提供给IGV.一共分为三步 第一步: 使用bdgcmp得到FE或者logLR转化后的文件(Run MACS2 bdgcmp to generate fold-enrichment and logLR track) macs2 bdgcmp -t H3K36me1_EE_rep1_treat_pileup.bdg -c H3K36me1...
ChIPseq ~200 bp 3650 bp Control sample: “Input” or “IgG” - Input: sonicated chromatin without immunoprecipitation - IgG: “unspecific” IP MACS2 • Modelbased Analysis of ChIPSeq • Original version published by Yong Zhang and Tao Liu from the lab of X. ...