MACS, Model-based Analysis of ChIP-seq. 主要用来寻找 peak。 MACS 软件由哈佛大学 X Shirley Liu 实验室开发,该实验室侧重于基因调控机制的生物信息和计算生物学研究。 建议在看下文前,先查看 taoliu/MACS/Manual 了解下 MACS2 的基本用法。 3.1.1 使用 MACS2 进行Peak Calling MACS2 callpeak 根据有无 ...
要在conda环境中安装MACS2(Model-based Analysis of ChIP-Seq),你可以按照以下步骤操作: 打开命令行终端: 首先,打开你的命令行终端。这可以是你的系统自带的终端(如macOS的Terminal或Linux的Terminal),或者你也可以使用Anaconda Prompt(如果你在使用Windows)。 输入安装命令: 在命令行终端中,输入以下命令来安装MACS2。
MACS全称Model-based Analysis of ChIP-Seq,最初的设计是用来鉴定转录因子的结合位点,但是它也可以用于其他类型的富集方式测序。 MACS通过整合序列标签位置信息和方向信息提高结合位点的空间分辨率。MACS的工作流如下所示: MACS2的使用方法 MACS2的用法,call peaks的参数及输出文件的解读可以参考MACS2文档学习。 了解相关...
# 如何进行MACS2 peak calling的实战## 1. 什么是MACS2及其应用场景MACS2(Model-based Analysis of ChIP-Seq 2)是用于识别染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)数据中富集区域(peak calling)的主流工具。它通过统计建模解决以下关键问题:-**噪声过滤**:区分真实信号与背景噪声-**峰识别**:准确定位转录因子结合位点或组...
MACS全称Model-based Analysis of ChIP-Seq,最初的设计是用来鉴定转录因子的结合位点,但是它也可以用于其他类型的富集方式测序。 MACS通过整合序列标签位置信息和方向信息提高结合位点的空间分辨率。MACS的工作流如下所示: MACS2的使用方法 MACS2的用法,call peaks的参数及输出文件的解读可以参考MACS2文档学习。 了解...
ChIP-seq Controlsample:“Input”or“IgG”-Input:sonicatedchromatin withoutimmunoprecipitation-IgG:“unspecific”IP ~200bp 36-50bp Typicallymillionsofreadspersample Park,NatRevGenetics,2009 MACS2 •Model-basedAnalysisofChIP-Seq•OriginalversionpublishedbyYongZhangandTaoLiufrom thelabofX.ShirleyLiuatthe...
ChIP-seq ~200bp 36-50bp Controlsample:“Input”or“IgG” -Input:sonicatedchromatin withoutimmunoprecipitation -IgG:“unspecific”IP MACS2 •Model-basedAnalysisofChIP-Seq •OriginalversionpublishedbyYongZhangandTaoLiufrom thelabofX.ShirleyLiuattheDana-FarberCancerInstitute, ...
ChIP-Seq数据分析笔记1.数据预处理(FastQC分析和Trimmomatic处理) 以一套已经发表的拟南芥C2H2转录结合因子的ChIP-Seq数据练习: 数据来源:ebi.ac.uk/arrayexpress/将这套数据下载到本地后,再通过FileZilla传到服务器中相应的文件夹:连接到服务器,开始对数据进行处理: 首先,下载需要使用的工具:FastQC ...
Park,ics,2009FrombindingtobindingsitesTypicallymillionsofreadspersamplePark,ics,2009ChIP-seq~200bp36-50bpControlsample:“Input”or“IgG”Input:sonicatedchromatinwithoutimmunoprecipitationIgG:“unspecific”IPMACS2Model-basedAnalysisofChIP--FarberCancerInstitute,BostonGenomeBiology2008,9:,developedandmaintainedbyTao...
chip-seq/2cutadapt/${headname}_clean_R1.fastq.gz\#-o read1输出文件名,加“clean“区别-p ～/chip-seq/2cutadapt/${headname}_clean_R2.fastq.gz\#-p read2输出文件名,同上～/chip-seq/rawdata/class2/${headname}_R1.fastq.gz\#输入文件read1～/chip-seq/rawdata/class2/${headname}_R2....