免疫分析又称饱和分析(Saturation Analysis)是一种利用抗体或抗原对某种溶液中的大分子或小分子进行测量的生物化学实验技术,其本质是抗原-抗体的结合反应,当抗原遇到其相应的特异抗体时产生一系列的抗原-抗体反应,形成抗原-抗体结合物。采用放射性同位素、酶或荧光物质等标记的抗原也能与相应的抗体产生同样的抗原-抗体反应。
之前看到有一些大佬在分析数据时使用了CEAS软件,看起来很好用:CEAS(ChIP-Enrichment Analysis Suite)是一种用于分析和解释 ChIP-seq 数据的工具套件,旨在识别和量化蛋白质-DNA 结合的富集区域及其生物学意义。CEAS 专注于 ChIP-seq 数据的后续分析和解读,包括在基因组中的富集模式、功能注释以及与其他数据集的比较。
Ryuichiro Nakato, Toyonori Sakata,Methods for ChIP-seq analysis: A practical workflow and advanced applications,Methods,Volume 187,2021,Pages 44-53,ISSN 1046-2023,https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2020.03.005.
Ryuichiro Nakato, Toyonori Sakata,Methods for ChIP-seq analysis: A practical workflow and advanced applications,Methods,Volume 187,2021,Pages 44-53,ISSN 1046-2023,https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2020.03.005.
ChIP-seq分析的可靠性取决于抗体质量,包括特异性和信噪比(S/N)。非特异性抗体-DNA结合的假阳性富集位点可能会干扰分析,因此应使用多种抗体验证ChIP-seq结果。 虽然大多数ChIP-seq工具都是针对特定基因组区域的sharp peaks,如转录起始位点(TSS),但一些组蛋白...
Ryuichiro Nakato, Toyonori Sakata,Methods for ChIP-seq analysis: A practical workflow and advanced applications,Methods,Volume 187,2021,Pages 44-53,ISSN 1046-2023,https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2020.03.005. http://www.egenetech.com
[1] Zhang Y, Liu T, Meyer CA, Eeckhoute J, Johnson DS, Bernstein BE, Nusbaum C, Myers RM, Brown M, Li W, Liu XS. Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS). Genome Biol. 2008;9(9):R137. [2] Orlando V, Strutt H, Paro R. Analysis of chromatin structure by in vivo formaldehy...
牛津大学出版社发表的文章In vivo formaldehyde cross-linking: it is time for black box analysis指出,某些蛋白质如:阻遏蛋白,NF-κB等无法通过甲醛交联到DNA上,研究表明;在DNA上的停留时间短于5秒的蛋白质无法用甲醛交联。其次,甲醛会导致许多其它无关蛋白质交联到DNA上,影响后续分析数据。有报道称,甲醛交联会...
[2] Rn A , Ts B . Methods for ChIP-seq analysis: A practical workflow and advanced applications[J]. Methods, 2020. [3] Mundade R , Ozer H G , Wei H , et al. Role of ChIP-seq in the discovery of transcription factor binding sites, differential gene regulation mechanism, epigenetic...
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MAC