"chip.ctl_paired_end": true, "chip.fastqs_rep1_R1": ["~/project2/analysis/ChIP-seq/encode-pipeline/encc/fastq/ENCC-K27-2_1.fastq.gz"], "chip.fastqs_rep1_R2": ["~/project2/analysis/ChIP-seq/encode-pipeline/encc/fastq/ENCC-K27-2_2.fastq.gz"], "chip.fastqs_rep2_R1": ...
输入文件:~/project/epigenetic/analysis/ChIP-seq/encode-pipeline/encc/H3K27ac/encc.chip.full.json "chip.title":"hENCC ChIP-seq (H3K27ac)","chip.description":"ENCC-K27-2_1,ENCC-I1_1 (1st); ENCC-K27-1_1,ENCC-I2_1 (2st) ","chip.pipeline_type":"histone","chip.aligner":...
一个分析流程是针对ChIP-Seq的,包括转录因子和组蛋白修饰,链接在这里。另一个分析流程是针对ATAC-Seq或者DNAse-Seq的,链接在这里。 之所以说是宝贝,是因为这两个pipeline都提供了一体化的质量控制以及分析流程。开发实验室是我现在所在系的Anshul Kundaje。这两个pipeline也都是我现在老板做的ENCODE的产物。所做的,...
Description of an optimized ChIP-seq analysis pipeline dedicated to genome wide identification of E4F1 binding sites in primary and transformed MEFsdoi:10.1016/j.gdata.2015.07.004This Data in Brief report describes the experimental and bioinformatic procedures that we used to analyze and interpret E4...
49、SMMIMTOMFTfl1471GSMsgiiTt图3-2 Cistrome数据收集部分的界面3.2 Cistrome分析平台简介Cistrome平台基于开源平台Galaxy开发,在Galaxy标准工具包的基础上,添加了 30多个分析ChIP数据的工具包,与此同时,按照分析流程(analysis pipeline)对这些工具包进行了整合,同时对所有 ChIP数据进行了收集(data collection)。Cistrome...
fastq-dump -O $analysis_dir -A $sample --gzip --split-3 $srr done 效果是直接下载并转换SRR*文件成为.fastq.gz文件,并且按照sample命名。 四、FastQC运行 4.1 FastQC是一个java软件 也可以用一个sh做批量质控 analysis_dir=~/ChIP-seqtest #project总文件夹 ...
ln: failed to access ‘/home/-/project2/analysis/ATAC-seq/encode-pipeline/encc/subsample/result/atac/a1db1b2f-64b6-4bce-b51b-2d5ee2d316bb/call-idr_ppr/execution/*.bfilt.narrowPeak.bb’: No suchfileor directory ln: failed to access ‘/home/-/project2/analysis/ATAC-seq/encode-pipel...
Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins 发表在nature biotechnology上,网址如下 https://www.nature.com/articles/nbt.1508 在该文章中对chip_seqs数据分析的完整pipeline进行了探究和解释,其中提出了一个peak位点两侧reads分布的规律,如下所示 ...
CHIP-seq pipeline :http://www.slideshare.net/COST-events/chipseq-data-analysis 然后大家一定要看这个ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22955991 本站仅提供存储服务,所有内容均由用户发布,如发现有害或侵权内容,请...
CHIP-seq pipeline : http://www.slideshare.net/COST-events/chipseq-data-analysis 大家一定要看这个ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22955991 编辑校对:思考问题的熊 本站仅提供存储服务,所有内容均由用户发布,如发现有害或侵权...