"chip.ctl_fastqs_rep1_R2": ["~/project2/analysis/ChIP-seq/encode-pipeline/encc/fastq/ENCC-I1_2.fastq.gz"], "chip.ctl_fastqs_rep2_R1": ["~/project2/analysis/ChIP-seq/encode-pipeline/encc/fastq/ENCC-I2_1.fastq.gz"], "chip.ctl_fastqs_rep2_R2": ["~/project2/analysis/ChIP...
一个分析流程是针对ChIP-Seq的,包括转录因子和组蛋白修饰,链接在这里。另一个分析流程是针对ATAC-Seq或者DNAse-Seq的,链接在这里。 之所以说是宝贝,是因为这两个pipeline都提供了一体化的质量控制以及分析流程。开发实验室是我现在所在系的Anshul Kundaje。这两个pipeline也都是我现在老板做的ENCODE的产物。所做的,...
Cistrome的所有工具模块都是通过 xml文件格式来管理载入的,为添加工具和扩 展功能提供便利。3.3 Chip -seq 数据分析流程(analysis pipeline)的实现对于ChIP-seq数据分析的质量控制与初步处理,具体流程如图 3-3所示I 罢若基丙组序列比对3峰榆测(ppak calling峰的保守性曲我44侏守性检测(con...
eCollection 2015 SepHoules T, Rodier G, Le Cam L, Sardet C, Kirsh O (2015) Description of an optimized ChIP-seq analysis pipeline dedicated to genome wide identification of E4F1 binding sites in primary and transformed MEFs. Genomics data 5:368-370...
补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。
Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins 发表在nature biotechnology上,网址如下 https://www.nature.com/articles/nbt.1508 在该文章中对chip_seqs数据分析的完整pipeline进行了探究和解释,其中提出了一个peak位点两侧reads分布的规律,如下所示 ...
比如建立一个ChIP-seqtest文件。 在下面建立一系列过程文件夹 mkdir rawdata qc clean align peak 等,相当于一下子建立这么多文件夹。以后每一个步骤都要保存到相应文件夹下。当然也可以现用现建立。 二、可以把不同的分析pipeline所需要的软件打包在不同的环境命令中 ...
CHIP-seq pipeline : http://www.slideshare.net/COST-events/chipseq-data-analysis 大家一定要看这个ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22955991 编辑校对:思考问题的熊 本站仅提供存储服务,所有内容均由用户发布,如发现有害或侵权...
一个实际的CHIP-seq数据分析例子:http://www.biologie.ens.fr/~mthomas/other/chip-seq-training/ CHIP-seq pipeline :http://www.slideshare.net/COST-events/chipseq-data-analysis 然后大家一定要看这个ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.http://www.ncbi.nlm.nih.gov...
ChIP-seq analysis pipeline, bwa:mapping, samtools: samtobam, macs2:callpeak, bdgtobw, homer: findmotif; bedtools: annotation