但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479596_1.fastq -2 SRR5479596_2.fastq -S /data/chen/Data/GSE98149/chip-seq/h3k9me3/alignment/sperm_input.sam & bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479599_1.fastq -2 SRR...
1,Practical Guidelines for the Comprehensive Analysis of ChIP-seq Data 文章从数据质控,比对,peak calling,peak注释,motif分析都给出了注意点,值得一读 论文从数据的质控到最后的peak注释都给了很多说明。 2,硕士论文 基于ChIP-seq全基因组识别毛竹笋尖与鞭笋尖组蛋白修饰位点 文章使用了组蛋白修饰做了chip-seq...
首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述...
A部分:ATAC-seq工作流程 Closed Chromatin(闭合染色质):左侧显示染色质紧密包装的区域,不易被转座酶访问。 Open Chromatin(开放染色质):开放的染色质区域允许转座酶插入,这些区域通常与基因活性相关。 Tn5 Transposase(Tn5转座酶):转座酶在开放染色质区域插入测序接头,剪切并标记这些区域的DNA片段。
虽然ChIPseeker是我写给自己做ChIPseq注释的,但Ming Tang (https://github.com/crazyhottommy/ChIP-seq-analysis)用它去做DNA breakdown注释,当然像lincRNA注释也是有人做并且完全是支持的。有一些我以前从没在文档里提到的东西,也应该会在这个系列里写出来。
ChIP-seq测序数据分析 以下程序运行在ubuntu环境。 数据分析过程主要使用测序获得的fastq原始文件进行下一步分析。 下图表示的是通常情况下,一组高通量测序的数据流转流程。 通常的数据流转流程 第一步安装anaconda3 mkdir src #新建SRC文件夹 cd src #进入SRC文件夹~/src$ wget-c https://mirrors.tuna.tsinghua....
ChIP-seq的一项关键分析是,通过显著数量的mapped reads来预测ChIPed蛋白在基因组上的结合区域。 灵敏度与特异度的平衡取决于合适的peak calling算法和归一化方法。 以ChIPed蛋白的类型为基础,分为: 点源性因子(point-source)如绝大多数TFs 广域富集因子如组蛋白标记 ...
ChIP-Seq Data AnalysisAnalyzer, Illumina Genome
1、根据筛选标准(是否为RNA-seq数据、样本量、样本分类清晰程度、是否有sra原始数据),到GEO数据库中查找数据集。 数据ID:GSE111845 数据来源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111845 样本介绍:Standard methods were used for RNA-sequencing library construction, EXBead preparation, and...