为了确保实验结果的可重复性,至少重复两次ChIP-seq实验并检查reads和鉴别的peaks的重复性。 读长的可重复性可通过计算每个基因组位置的(mapped) read conuts的Pearson correlation coefficient来得出
complicated data manipulation.Lasergene Genomicsmakes it quick and easy to set up your ChIP-Seq analysis project, by offering an easy-to-use wizard that guides you through project setup in minutes. The software also includes several different customizable options for variant detection...
由于课题需要开始学习Chip-seq的分析方法,Chip-seq的原理已经有很多介绍啦,我就不再写了。 下载数据 -- prefech 下载SRA文件 代码语言:javascript 复制 # Linux 中使用Prefetch 进行下载 for i in $(cat SRR.txt);do prefetch $i;done 使用Fastq-dump 进行SRA 文件分割 ...
之前看到有一些大佬在分析数据时使用了CEAS软件,看起来很好用:CEAS(ChIP-Enrichment Analysis Suite)是一种用于分析和解释 ChIP-seq 数据的工具套件,旨在识别和量化蛋白质-DNA 结合的富集区域及其生物学意义。CEAS 专注于 ChIP-seq 数据的后续分析和解读,包括在基因组中的富集模式、功能注释以及与其他数据集的比较。
ChIP-Seq Analysis with NextGENe Software Application Note NextGENe™ by SoftGenetics ChIP-Seq Analysis with NextGENe Software Megan Manion, Kevin LeVan, Shouyong Ni, Yiqiong Jacie Wu and CS Jonathan Liu April 2009 Introduction ChIP-Seq studies are used to analyze the interaction between DNA and ...
In addition to implementing previously published ChIP–microarray (ChIP-chip) analysis methods, the software contains statistical methods designed specifically for ChlP sequencing (ChIP-seq) data obtained by coupling ChIP with massively parallel sequencing. The modular design of CisGenome enables it to ...
ChIP-Seq Analysis of SOLiD™ Sequence Reads with NextGENe™ SoftwareKevin LeVanJacie WuHaitao RenShouyong NiTeresa Snyder-LeibyChangSheng Jonathan Liu
ChIP-Seq Analysis 中国总部 | 其他分公司 北京市朝阳区望京北路 3 号 100102 全球电子邮件 +86 800-820-3278 +86 400-820-3278 全球联系电话 关于安捷伦 新闻中心 公司信息 投资商关系 工作 社会关系 与安捷伦合作 大学关系 环境、社会和公司治理 卓越的科学...
这篇2011年的文章对ChIP-Seq的分析流程进行比较详细的讲解,个人读完后对ChIP数据质量控制和可信度提高上有了更多的认识,但之后的call-peak和peak注释作者主要是介绍一款名为CisGenome的软件计算原理和优点,然而…
ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.Differential analysis 5.Peak gene 6.Pathway analysis 7.Data visualization 1.Alignment base calling——Off-Line Basecaller software (OLB V1.8.0). ...