MACS（Model-based Analysis of ChIP-Seq）是一种用于分析ChIP-Seq数据的算法，旨在识别转录因子结合位点和组蛋白修饰富集区域。该算法通过评估基因组背景下的富集区域显著性，结合标签位置和方向信息，提高识别结合位点的空间分辨率。MACS可以单独使用ChIP-Seq数据，也可以与对照样本一起使用以提高特异性。MACS的主要功能...
得到名为CTCF_model.pdf的文件,打开,如下图所示: 在某些情况下,比如,对组蛋白修饰的ChIP-seq数据peak-calling时,“双峰模型”会建立失败,这是因为组蛋白修饰往往并不是孤立存在的,可能很长一段染色质区间都被同一个组蛋白修饰占据,换句话说,组蛋白修饰的peak并不典型。这时,只要多加一个参数: –nomodel –shi...
MACS全称是Model-based Analysis of ChIP-Seq,是使用的最广泛的peak calling软件之一,其基本原理简介如下 1. 预测测序reads与peak的偏倚距离 在chip_seq等数据中科学家发现在真实的结合位点两侧,正负链的测序深度分布如下图所示,对应峰值的中心距离peak中心有一定的偏移 MACS首先通过一个模型来评估真实的peak中心和测序...
Model-based analysis of ChIP-seq (MACS) is a computational algorithm that identifies genome-wide locations of transcription/chromatin factor binding or histone modification from ChIP-seq data. MACS consists of four steps: removing redundant reads, adjusting read position, calculating peak enrichment and...
在使用Bowtie比对于完Chip-Seq的结果后,就需要用到MACS或者ERANGE来找出峰所在的位置了。但是由于ERANGE的设置比较复杂,所以最为流行的还是MACS。 一.首先安装MACS软件 MACS有两个版本,分别是MACS14和MACS2。MACS2在很多方面都对MACS14做了重大改进,但目前还在测试阶段。我们依然以MACS14为例进行说明。
虽然像 MACS2 这样的标准 ChIP-seq 通常用于从 CUT&RUN 数据中call peak,但人们担心低读取深度和低背景水平可能会使标准call peak器容易出现更多的假阳性。为了解决这个问题,Henikoff 小组开发了一个名为 SEACR(用于 CUT&RUN 的稀疏富集分析)的工具,它提供了一种分析策略,该策略使用背景信号的全局分布来校准一个...
MACS是一款专注于分析和处理DNA测序数据,尤其是ChIP-seq和ATAC-seq数据的编程软件。其中,1、强大的峰值检测能力是其显著特点;2、灵活性和高效性;3、支持多种数据格式和平台。MACS通过利用统计模型,对DNA结合蛋白或开放染色质区域在基因组上的富集区域进行精确的定位和分析,极大地促进了表观遗传学和基因组学的研究。
chip-seq数据分析中peak-calling软件---MACS的安装 1.下载MACS软件安装包(作者的系统为Ubuntu) 网址链接:http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/ 2.解压文件: tar -zxvf MACS**.tar.gz 3.更改文件夹的名字(个人习惯) mv MACS1.1-4 MACS 4.进入到MACS软件包 cd MACS...
chip-seq数据分析中peak-calling软件---MACS的安装 1.下载MACS软件安装包(作者的系统为Ubuntu) 网址链接:http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/ 2.解压文件: tar -zxvf MACS**.tar.gz 3.更改文件夹的名字(个人习惯) mv MACS1.1-4 MACS 4.进入到MACS软件包 cd MACS...
MACS全称是Model-based Analysis of ChIP-Seq,是使用的最广泛的peak calling软件之一,其基本原理简介如下 1. 预测测序reads与peak的偏倚距离 在chip_seq等数据中科学家发现在真实的结合位点两侧,正负链的测序深度分布如下图所示,对应峰值的中心距离peak中心有一定的偏移 ...