但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果:比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也会增加,最后达到平稳,测序深度饱和点取决于组蛋白修饰和所研究的物种基因...
即染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）和全基因组甲基化测序（WGBS）。这两种常用的高通量测序技术，在分...
Chip和Chip-seq是常用于研究基因组中染色质和蛋白质相互作用的实验技术。Chip实验用于检测染色质中特定蛋白质与DNA之间的相互作用。该技术通过使用特异性抗体与染色质中的目标蛋白质结合，并利用免疫沉淀、洗涤和DNA提取等步骤来分离和富集特定DNA序列。通过这种方式，可以获取与目标蛋白质结合的DNA序列。Chip...
除了做验证实验外,ChIP DNA也可进行测序分析和芯片分析,测序分析对应的方法是染色质免疫共沉淀(ChIP-SEQ);芯片分析对应的方法是ChIP-on-chip。 这两种方法都可以用于分析目的蛋白结合的未知序列。 1、实时定量 PCR 用比较精确的实时定量PCR方法检测沉淀的DNA样品,称为实时定量染色质免疫共沉淀技术(qChIP)。这种方法...
🧬 什么是ChIP-seq? ChIP-seq其实是个组合拳,包括染色质免疫共沉淀(ChIP)和二代测序(seq)。简单来说,ChIP是用来研究蛋白质和DNA之间相互作用的技术,而ChIP-seq则是通过二代测序来分析这些相互作用。这个技术主要有两大类应用:转录因子(TF)的ChIP-seq和组蛋白(Histone)的ChIP-seq。 转录因子的ChIP-seq 转录因...
点击上方\x26quot;蓝字\x26quot;关注我们吧!ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与二代测序技术相结合就有了
但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果: 比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也会增加,最后达到平稳,测序深度饱和点取决于组蛋白修饰和所研究的物种基...
由于更高的分辨率，ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChIP-chip有了明显的提高(Luo and Lam, 2014)。因此，ChIP-seq已成为一种分析真核生物基因组中染色质修饰和转录因子（TF）结合位点的流行方法。02模式植物的ChIP实验流程 模式植物（水稻和拟南芥）的ChIP检测方案由Zhu等开发(Zhu et al., 2012)。首先，用甲醛处理...
通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA 复合物沉淀下来,从而获取组蛋白结合的 DNA,然后通过测序,可获得组蛋白在染色体上的分布情况,从而确定组蛋白修饰相关的特定位点,还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。Histone Chip-seq 一般与 ATAC-seq、RNA-seq 等一起联用。