Macs2 bdgdiff是一种常用的基因组比较工具,用于比较两个ChIP-seq测序实验的测序深度数据,以便找出两者之间的差异。本文将介绍Macs2 bdgdiff的原理及其在基因组学研究中的应用。 我们需要了解什么是ChIP-seq。ChIP-seq是一种广泛应用于基因组学研究的技术,用于研究蛋白质与DNA之间的相互作用。通过将特定的抗体与某个蛋...
bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 双端测序使用 macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p 下面进入最长的工具参数说明. 核心:callpeak用法 这是MACS2的主要功能,因为MACS2的目的就是找peak,其他功能都是可有可无,唯独 callpeak不可取代。最简单的用法...
macs2 callpeak -t TF.bam -c Control.bam (--fix-bimodal) -g dm -n TF -B -q 0.01 --outdir macs2/ 2>>log/macs2_log.txt & #单端,不建立双峰模型: macs2 callpeak -t TF.bam -c Control.bam (--nomodel --extsize 200 --shift 0) -g dm -n TF -B -q 0.01 --outdir macs2...
依次单击“高级配置>MAC过滤”,进入“MAC过滤表项”页面。如图4-67所示。 图4-67MAC过滤表项 单击“新建”,进入“新建”页面。如图4-68所示。 图4-68新建MAC过滤表项 填写各配置项。 界面信息含义如表4-18所示。 表4-18新建MAC过滤表项 配置项
$macs2 callpeak -f BAMPE -t ATAC.bam -g hs -n test -B -q 0.01 输出结果 非宽峰 以非宽峰callpeak结果为例,通常MACS2 会输出以下文件 1. NAME_peaks.xls 该文件可以通过excel打开,包括以下信息: 染色体名称 peak起始的染色体坐标 peak结束的染色体坐标 ...
MAC缺省配置如表5-4所示。 表5-4MAC缺省配置 参数 缺省值 动态MAC表项的老化时间 300秒 MAC地址学习功能 开启 基于接口限制的MAC地址学习数量 16k 接口学习MAC地址的优先级 0 相同优先级的接口发生MAC地址漂移 允许 MAC漂移检测功能 开启 MAC刷新ARP功能 ...
outdir指定输出结果的目录n参数指定输出文件名的前缀g参数指定基因组的有效大小在ngs数据中测序reads在基因组上的覆盖度并不是100而且有些重复区域的比对信息是不可信的剩下的能够利用的区域通常只占整个基因组区域的70到90这个区域的大小就是有效大小对于常见的物种程序内置了有效大小我们只需要指定物种的缩写即可 MAC...
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