--broad--cutoff: 用于过滤broad得到的peak,默认是q值,如果设置-p就用p值。 上面的基本参数可以用在最初的分析。根据基本的分析结果,可以有选择地使用下面的参数符合特定项目的需求。 比较基础的参数: -s/--tsize: 二代测序读长,MACS会用前面10个序列进行推测。
第二种看帮助文档:对reads数有要求。 “broad” histone marks, such as H3 lysine 27 trimethylation (H3K27me3), H3 lysine 36 trimethylation (H3K36me3), or H3 lysine 79 dimethylation (H3K79me2) can spread over larger genomic regions of several hundred kilobases。While TFs usually occupy genom...
-q/--qvalue,-p/--pvalue:qvalue默认值是0.05,与pvalue不能同时使用,指定p值后MACS2就不会用q值了。 --broad:peak有narrow peak和broad peak,设置该参数可以call broad peak。当处理宽峰数据(例如组蛋白数据)时需要设置。设置该参数,MACS将尝试合并广泛的区域。broad region最大长度是4d。其中d表示MACS的双...
--broad: broad region最大长度是 4d。其中d表示MACS的双峰模型两个peak的距离。结果会得到BED12格式文件,存放着附近高度附近的区域。由于要足够的宽,所以需要专门的参数进行统计学过滤。 --broad--cutoff: 用于过滤 broad得到的peak,默认是q值,如果设置 -p就用p值。 上面的基本参数可以用在最初的分析。根据基本...
--broadpeak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize当设置了nomodel时...
IGV是Broad Institute(伯德研究所)开发的软件,可以对基因组比对结果进行可视化。IGV下载链接:Downloads | Integrative Genomics Viewer。 另外,也要确认本地是否安装X manager,并且在X Shell设置使用X11转发功能。具体操作可以查看 Xshell使用X11转发功能 | Xmanager中文官网。这一步是为了在Linux系统下打开IGV。 这些软...
Example for broad peak calling: python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 There are seven major functions available in MACS serving as sub-commands. 详细参数说明: https://pypi.python.org/pypi/MACS2 (有下载网址和安装、使用示例) ...
--broadpeak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。
3) 安装 MACS2 cdMACS−2.0.9cdMACS−2.0.9sudo python setup.py install 4)使用MACS2 macs2 [-h] [--version] {callpeak,filterdup,bdgpeakcall,bdgcmp,randsample,bdgdiff,bdgbroadcall} Example for regular peak calling: python2.7 macs2 callpeak-t ChIP.bam-c Control.bam-f BAM-g hs-n fi...
--broad peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff 和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel 这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。