macs2 callpeak -t H4K16ac.bam -c Control.bam (-f BAMPE --broad) -g dm -n H4K16ac -B -q 0.01 --outdir macs2/ 2>>log/macs2_log.txt & #单端,双峰模型: macs2 callpeak -t TF.bam -c Control.bam (-f BAM或AUTO -m 5 50) -g dm -n TF -B -q 0.01 --outdir macs2/...
peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize当设置了nomodel时,MACS会...
第一种常规:组蛋白通常用board,转录因子通常用narrow。narrowpeak相对更容易被检测到 第二种看帮助文档:对reads数有要求。 “broad” histone marks, such as H3 lysine 27 trimethylation (H3K27me3), H3 lysine 36 trimethylation (H3K36me3), or H3 lysine 79 dimethylation (H3K79me2) can spread over ...
MACS2功能:macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能,能够利用bam文件寻找chip peak;macs2 callpeak 使用: # regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g ...
1.# 常规的peak calling 2.macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 3.# 较宽的peak calling 4.macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 我们先来介绍这个案例里的参数。首先是常规的peak calling用到的参数 ...
peak calling 参数 -q/--qvalue和-p/--pvalueq value默认值是0.05,与pvalue不能同时使用。 --broadpeak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ ...
--broad peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff 和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel 这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。
macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 我们先来介绍这个案例里的参数。首先是常规的peak calling用到的参数 -t/--treatment FIELNAME和-c/--control FILENAME表示处理样本和对照样本输入。其中 -t必须,很好理解,没有处理组你还找啥Peak。 -f/--format FORMAT用...
Macs2主要有两种模式,即"callpeak"模式和"bdgpeakcall"模式。前者用于得到.bed或.narrowPeak格式的输出文件,后者用于得到.broadPeak格式的输出文件。 5.峰值后处理和注释 获得峰值文件后,我们可以根据需要进行后续的分析。可以使用bedtools、IGV等工具进行峰值合并、相互重叠分析、富集分析等操作。另外,我们还可以使用...
查看输出:MACS2会生成多个输出文件,其中包括包含peak信息的narrowPeak或broadPeak文件。在这些文件中,可以找到每个peak的binding score,它通常与-log10(qvalue)相对应。 三、列举影响MACS2 binding score准确性和可靠性的因素 测序深度:测序深度越高,捕获的reads数越多,peak calling的准确性越高。 对照组选择:合适的...