第一种常规:组蛋白通常用board,转录因子通常用narrow。narrowpeak相对更容易被检测到 第二种看帮助文档:对reads数有要求。 “broad” histone marks, such as H3 lysine 27 trimethylation (H3K27me3), H3 lysine 36 trimethylation (H3K36me3), or H3 lysine 79 dimethylation (H3K79me2) can spread over ...
--broadpeak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize当设置了nomodel时...
MACS2功能:macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能,能够利用bam文件寻找chip peak;macs2 callpeak 使用: # regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g ...
prefix_summits.bed 包含每个peak峰顶summit的位置,等同于从narrowPeak文件里面剥离出来的,方便用来寻找motif的binding,同样可以载入UCSC prefix_peaks.broadPeak &prefix_peaks.gappedPeak 文件都是为选择 -broad 参数后得到的文件,本质上和narrowPeak文件一致,不过增加了broadregion,当然summit的定义也有区别,需要自己去指...
--broadpeak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。
其中,-t指定处理组BAM文件,-c指定对照组BAM文件,-g指定基因组大小(如hs表示人类基因组),-f指定输入文件格式(如BAM),-n指定输出文件前缀,-q指定qvalue阈值。 查看输出:MACS2会生成多个输出文件,其中包括包含peak信息的narrowPeak或broadPeak文件。在这些文件中,可以找到每个peak的binding score,它通常与-log10(q...
--broad peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff 和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel 这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。
Macs2主要有两种模式,即"callpeak"模式和"bdgpeakcall"模式。前者用于得到.bed或.narrowPeak格式的输出文件,后者用于得到.broadPeak格式的输出文件。 5.峰值后处理和注释 获得峰值文件后,我们可以根据需要进行后续的分析。可以使用bedtools、IGV等工具进行峰值合并、相互重叠分析、富集分析等操作。另外,我们还可以使用...
一般常规是够用的,但是如果你需要看那些更加宽的peak,可以按照官方的建议使用如下参数 --broad: broad region最大长度是 4d。其中d表示MACS的双峰模型两个peak的距离。结果会得到BED12格式文件,存放着附近高度附近的区域。由于要足够的宽,所以需要专门的参数进行统计学过滤。 --broad--cutoff: 用于过滤 broad得到的...
MACS建议用该文件寻找结合位点的motif。能够直接载入UCSC browser,用其他软件分析时需要去掉第一行。 NAME_peaks.gappedPeak: 格式为BED12+3,里面存放broad region和narrow peaks。 NAME_model.r,能通过$ Rscript NAME_model.r作图,得到是基于你提供数据的peak模型。