bdgpeakcall使用*_treat_pvalue.bdg或bdgcmp得到的结果或begGraph文件进行peak calling.bdgbroadcall差不多也是这样子。 bdgdiff能用来分析4个bedgraph文件,得到treatment1 vs control1, treatment2 vs control2, treatment1 vs control2, treament2 vs control1的得分。 filterdup:过滤重复,结果是BED文件 ...
$ macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 $ macs2 callpeak -B -t cond2_ChIP.bam -c cond2_Control.bam -n cond2 --nomodel --extsize 120 这个数值在差异分析中会用到,所以要记录下来。 $ egrep "tags after filtering in treatme...
MACS2peakcalling 实战 MACS 是一款最为流行的 peak calling 软件,最初是针对转录因 子的 chip 数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适 配。目前最新版本为 v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0 版本中提供了以下多个子命令 1. callpeak 2. bdgpeakcall 3. bdgbroadcall 4...
bedtools intersect -a WT_rep1_peaks.narrowPeak -b WT_rep2_peaks.narrowPeak -f 0.5 -F 0.5 -e > WT_macs2_intersect.bed (6) bdgdiff差异peaks分析 没有生物学重复的ChIP-seq数据用MACS2中的bdgdiff进行差异peaks分析。 macs2 bdgdiff --t1 cbx7_treat_pileup.bdg --c1 cbx7_control_lambda.bdg ...
-B/--bdg:输出bedgraph格式的文件,输出文件以NAME+'_treat_pileup.bdg' for treatment data, NAME+'_control_lambda.bdg' for local lambda values from control显示。 peak calling 参数 -q/--qvalue和-p/--pvalue q value默认值是0.05,与pvalue不能同时使用。
Macs2主要有两种模式,即"callpeak"模式和"bdgpeakcall"模式。前者用于得到.bed或.narrowPeak格式的输出文件,后者用于得到.broadPeak格式的输出文件。 5.峰值后处理和注释 获得峰值文件后,我们可以根据需要进行后续的分析。可以使用bedtools、IGV等工具进行峰值合并、相互重叠分析、富集分析等操作。另外,我们还可以使用...
对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 https://github.com/taoliu/MACS/wiki/Call-differential-binding-events 可以分为以下3步 1. 预测插入片段长度 通过predictd子命令可以预测样本的fragment size,命令如下 代码语言:javascript ...
NAME_peaks.broadPeakBED6+3格式与narrowPeak类似,只是没有第10列。 summits.bed, narrowPeak, bdg, xls四种输出文件的比较 xls文件 文件包含信息还是比较多的,和narrowPeak唯一不同的是peak的起始位置需要减1才是bed格式的文件,另外还包含fold_enrichment 和narrowPeak的fold change 对应,-log10pvalue,-log10qval...
bdgpeakcall使用*_treat_pvalue.bdg 或bdgcmp得到的结果或begGraph文件进行peak calling.bdgbroadcall差不多也是这样子。 bdgdiff能用来分析4个bedgraph文件,得到treatment1 vs control1, treatment2 vs control2, treatment1 vs control2, treament2 vs control1的得分。 filterdup:过滤重复,结果是BED文件 predictd...
3. 差异peak分析 命令如下 macs2 bdgdiff --t1 cond1_treat_pileup.bdg --c1 cond1_control_lambda.bdg --t2 cond2_treat_pileup.bdg \ --c2 cond2_control_lambda.bdg --d1 12914669 --d2 14444786 -g 60 -l 120 --o-prefix diff_c1_vs_c2 ...