bdgdiff能用来分析4个bedgraph文件,得到treatment1 vs control1, treatment2 vs control2, treatment1 vs control2, treament2 vs control1的得分。 filterdup:过滤重复,结果是BED文件 predictd:从比对文件中估计文库大小或d randsample: 随机抽样 pileup:以给延伸大小去堆积(pileup)比对得到的reads。这一步不会有...
(6) bdgdiff差异peaks分析 没有生物学重复的ChIP-seq数据用MACS2中的bdgdiff进行差异peaks分析。 macs2 bdgdiff --t1 cbx7_treat_pileup.bdg --c1 cbx7_control_lambda.bdg --t2 RYBP_treat_pileup.bdg --c2 RYBP_control_lambda.bdg --outdir cbx7_2_RYBP -o OFILE_uniq_cbx7 OFILE_uniq_RYBP OFI...
$ macs2 bdgdiff --t1 cond1_treat_pileup.bdg --c1 cond1_control_lambda.bdg --t2 cond2_treat_pileup.bdg\ --c2 cond2_control_lambda.bdg --d1 12914669 --d2 14444786 -g 60 -l 120 --o-prefix diff_c1_vs_c2 其中-d1和-d2的值就是第二步运行时输出的reads数目,-o参数指定输出文件的...
macs2 bdgdiff --t1 cond1_treat_pileup.bdg --c1 cond1_control_lambda.bdg --t2 cond2_treat_pileup.bdg \ --c2 cond2_control_lambda.bdg --d1 12914669 --d2 14444786 -g 60 -l 120 --o-prefix diff_c1_vs_c2 其中-d1和-d2的值就是第二步运行时输出的reads数目,-o参数指定输出文件的...
macs2 bdgdiff --t1 cond1_treat_pileup.bdg --c1 cond1_control_lambda.bdg --t2 cond2_treat_pileup.bdg \ --c2 cond2_control_lambda.bdg --d1 12914669 --d2 14444786 -g 60 -l 120 --o-prefix diff_c1_vs_c2 其中-d1和-d2的值就是第二步运行时输出的reads数目,-o参数指定输出文件的...
macs2 [-h] [--version] {callpeak,filterdup,bdgpeakcall,bdgcmp,randsample,bdgdiff,bdgbroadcall} Example for regular peak calling: python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n fileprefix -B -q 0.01 Example for broad peak calling: python2.7 macs2 callpeak -...
macs2 [-h] [--version] {callpeak,filterdup,bdgpeakcall,bdgcmp,randsample,bdgdiff,bdgbroadcall} 参考示例: # Example for regular peakcalling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # Example for broad peakcalling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -...
cmbreps 7. bdgdiff 8. filterdup 9. predictd 10. pileup 11. randsample 12. refinepeak 每个子命令和对应的功能描述如下 本文主要介绍 macs2 最经典的使用场景 peak calling, 基本用法如 下 macs2 callpeak \ -t ip.bam \ -c input.bam \ --outdir out_dir \ -n chip \ -g hs -t 参数...
MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有...