图3:利用m6A-SAC-seq技术鉴定的m6A位点的含量和在转录本上的的分布特征(A、B和C);高、中、低m6A含量的转录本的更新周期的累积分布曲线图(D)和m6A调控转录本更新过程的机制图(E)。 此外,研究人员还使用m6A-SAC-Seq技术成功绘制了人脐带血来源的造血干细胞(HSPC)分化为单核细胞(monocyte)的m6A含量动态图谱(图...
2022年3月15日,复旦大学生物医学研究院胡璐璐研究员与芝加哥大学何川教授、美国希望之城陈建军教授和芝加哥大学陈梦洁教授合作在Nature Biotechnology杂志上发表了题为m6A RNA modifications are measured at single-base resolution across the mammalian transcriptome的文章,该研究开发的新方法m6A-SAC-Seq(Selective Allyl ...
值得注意的是,虽然本研究中,m6A-SAC-Seq技术需要30ng的mRNA,研究人员后续对该方法进行了优化,目前的实验流程仅仅需要2ng的mRNA。m6A-SAC-Seq 技术有望成为攻克当前定量 m6A 测序技术瓶颈并引领新生物学发现的“金标准”。 图5:利用m6A-SAC-seq技术研究造血干细胞分化过程中m6A的动态变化复旦大学生物医学研究院胡璐...
基于抗体的m6A测序方法示意图:MeRIP-seq/m6A-seq、m6A-seq2和m6A-CLIP/miCLIP。 抗体非依赖性m6A测序方法示意图:m6A SEAL-seq、m6A SAC-seq、Nanopore DirectRNA-seq和GLORI-seq。 (2)抗体非依赖性测序技术 基于抗体的m6A高通量测序技术存在明显的缺点:m6A抗体质量不易控制,使用不同制造商的抗体获得结果差异较大。
选择性丙烯基化学标记测序(m6A-SAC-seq)可以直接标记m6A,覆盖几乎所有m6A经典motif,并以单碱基分辨率定量分析捕获的m6A位点。该方法使用特定酶将烯丙基化学基团添加到m6A中,形成a6m6A,经I2处理后进行环化。在逆转录过程中,环化的a6m6A被逆转录酶读为突变。基于突变位点检测转录组中的m6A位点,并通过标准曲线转换突变...
该方法不依赖于抗体,可以实现对微量RNA样本(30ng ribo- RNA)的m6A位点分析,可在单碱基分辨率水平追踪m6A分布和含量的动态变化。m6A-SAC-Seq技术是目前唯一可以广泛应用于各个生物学背景的方法,在基础生物学研究和临床应用中均有良好的前景。 图2:m6A-SAC-Seq策略图。(A和B)使用特定的酶将m6A加上一个烯丙基的...
我们提出了一种定量的m6A-SAC-seq方法,可在单碱基分辨率下绘制整个转录组中的m6A位点。该方法只需要~30ng的输入RNA (来自300ng的总RNA),因此适用于研究各种生物系统。我们以单碱基精度和化学计量信息绘制了详细的m6A综合图。m6A-SAC-se...
选择性丙烯基化学标记测序(m6A-SAC-seq)可以直接标记m6A,覆盖几乎所有m6A经典motif,并以单碱基分辨率定量分析捕获的m6A位点。该方法使用特定酶将烯丙基化学基团添加到m6A中,形成a6m6A,经I2处理后进行环化。在逆转录过程中,环化的a6m6A被逆转录酶读为突变。基于突变位点检测转录组中的m6A位点,并通过标准曲线转换突变...
选择性丙烯基化学标记测序(m6A-SAC-seq)可以直接标记m6A,覆盖几乎所有m6A经典motif,并以单碱基分辨率定量分析捕获的m6A位点。该方法使用特定酶将烯丙基化学基团添加到m6A中,形成a6m6A,经I2处理后进行环化。在逆转录过程中,环化的a6m6A被逆转录酶读为突变。基于突变位点检测转录组中的m6A位点,并通过标准曲线转换突变...
基于突变位点检测转录组中m6A的位置,并通过使用标准曲线转换突变率获得m6A含量的准确信息(图5)。m6A-SAC-seq可以广泛应用于各种生物学背景,在基础生物学研究和临床应用方面具有良好的前景。m6A-SAC-seq的主要限制是该反应基于酶,因此可能具有序列偏好。 图5 m6A-SAC-seq技术原理...