2022年3月15日,复旦大学生物医学研究院胡璐璐研究员与芝加哥大学何川教授、美国希望之城陈建军教授和芝加哥大学陈梦洁教授合作在Nature Biotechnology杂志上发表了题为m6A RNA modifications are measured at single-base resolution across the mammalian transcriptome的文章,该研究开发的新方法m6A-SAC-Seq(Selective Allyl ...
m6A-SAC-seq的主要限制是该反应基于酶,因此可能具有序列偏好。 图5 m6A-SAC-seq技术原理 1.1.2.3、Nanopore m6A-seq 纳米孔直接RNA测序(DRS)是另一种可以在单碱基分辨率下鉴定m6A修饰的测序技术(Dierks等人,2021;高等,2021;Leger等人,2021年)。当RNA通过纳米孔时,RNA序列被纳米孔表面的电场强度识别。RNA修饰引起...
值得注意的是,虽然本研究中,m6A-SAC-Seq技术需要30ng的mRNA,研究人员后续对该方法进行了优化,目前的实验流程仅仅需要2ng的mRNA。m6A-SAC-Seq 技术有望成为攻克当前定量 m6A 测序技术瓶颈并引领新生物学发现的“金标准”。 图5:利用m6A-SAC-seq技术研究造血干细胞分化过程中m6A的动态变化复旦大学生物医学研究院胡璐...
m6A-SEAL-seq所需初始RNA量很低,FTO具有很强大的去甲基化活性,几乎没有序列选择性。m6A-SEAL-seq的缺点是操作步骤多、耗时长、分辨率与MeRIP-seq相似。 选择性丙烯基化学标记测序(m6A-SAC-seq)可以直接标记m6A,覆盖几乎所有m6A经典motif,并以单碱基分辨率定量分析捕获的m6A位点。该方法使用特定酶将烯丙基化学基团添...
m6A-SAC-seq的主要局限在于反应基于酶，因此可能具有序列偏好。纳米孔直接RNA测序（Nanopore Direct RNA-...
m6A-SAC-seq的主要局限在于反应基于酶，因此可能具有序列偏好。纳米孔直接RNA测序（Nanopore Direct RNA-...
选择性丙烯基化学标记测序(m6A-SAC-seq)可以直接标记m6A,覆盖几乎所有m6A经典motif,并以单碱基分辨率定量分析捕获的m6A位点。该方法使用特定酶将烯丙基化学基团添加到m6A中,形成a6m6A,经I2处理后进行环化。在逆转录过程中,环化的a6m6A被逆转录酶读为突变。基于突变位点检测转录组中的m6A位点,并通过标准曲线转换突变...
基于突变位点检测转录组中m6A的位置,并通过使用标准曲线转换突变率获得m6A含量的准确信息(图5)。m6A-SAC-seq可以广泛应用于各种生物学背景,在基础生物学研究和临床应用方面具有良好的前景。m6A-SAC-seq的主要限制是该反应基于酶,因此可能具有序列偏好。 图5 m6A-SAC-seq技术原理...
抗体非依赖性m6A测序方法示意图:m6A SEAL-seq、m6A SAC-seq、Nanopore Direct RNA-seq和GLORI-seq。 (2)抗体非依赖性测序技术 基于抗体的m6A高通量测序技术存在明显的缺点:m6A抗体质量不易控制,使用不同制造商的抗体获得结果差异较大。此外,抗体的高价格和测序所需的大量RNA也阻碍其大规模应用。为了克服这些局限,...
结合单碱基分辨率测序技术(SAC-seq),团队验证了m6A修饰在肿瘤异质性中的核心地位。 总之,该研究标志着我们对前列腺癌表观转录组景观的理解迈出了重要一步。研究结果强调了靶向m6A介导的基因调控作为治疗该疾病的新方法的潜力。然而,仍...