m6A-SAC-seq可以广泛应用于各种生物学背景,在基础生物学研究和临床应用方面具有良好的前景。m6A-SAC-seq的主要限制是该反应基于酶,因此可能具有序列偏好。 图5 m6A-SAC-seq技术原理 1.1.2.3、Nanopore m6A-seq 纳米孔直接RNA测序(DRS)是另一种可以在单碱基分辨率下鉴定m6A修饰的测序技术(Dierks等人,2021;高等,2021...
该研究展示了m6A-SAC-Seq 技术在细胞分化(图5)、早期发育、神经元信号传导和临床样本中获得全转录组 m6A 含量变化的潜力。值得注意的是,虽然本研究中,m6A-SAC-Seq技术需要30ng的mRNA,研究人员后续对该方法进行了优化,目前的实验流程仅仅需要2ng的mRNA。m6A-SAC-Seq 技术有望成为攻克当前定量 m6A 测序技术瓶颈并...
m6A-SAC-seq的主要局限在于反应基于酶，因此可能具有序列偏好。纳米孔直接RNA测序（Nanopore Direct RNA-...
m1A-seq结果表明m1A在第一个剪接位点上游起始密码子周围富集：m1A倾向于修饰翻译起始位点周围一些更结构...
SAC-seq技术构建文库,测序后通过数据分析得到m6A位点信息,通过标准曲线校准计算得到m6A的含量.结果m6A-SAC-seq处理后,HIV逆转录酶识别环化的am6A位点,引入突变,但附近未修饰位点不发生突变.通过特定的A突变成T/C的突变位置(A to T/C)来识别m6A位点,并添加内参探针,用标准曲线来定量m6A含量.结论m6A-SAC-seq技术...
DART-seq, m6A- SEAL-seq和m6A-label-seq为获取m6A修饰信息提供了新的选择,但它们仍然缺乏化学计量信息。最近开发的基于酶的方法m6A-SAC -seq显示出对GAC背景下的m6A偏好,并依赖于基于峰值RNA的标准化定量。位点特异性定量方法已有...
检测出的m 6 A 位点呈现出高度保守的DRACH序列,主要分布在终止密码子附近,编码序列以及3'非翻译区,与之前研究报道的一致。在含有DGACH序列的m6A位点的对比上,eTAM-seq检测结果也与m 6 A-SAC-seq【10,11】检测结果具有很好的重叠性,这也进一步支持了eTAM-seq检测结果的准确性。
apptainer run docker://y9ch/sacseq:latest Note that when you storge your input file in a mounted partition, don't forget to add --bind / -B command to mount the partition. For example, using apptainer run -B /data docker://sacseq:latest... default settings(Click to expand) defaul...
m6A-SAC-seq的主要局限在于反应基于酶，因此可能具有序列偏好。纳米孔直接RNA测序（Nanopore Direct RNA-...