随后,MeRIP-seq/m6A-seq实验方法的建立使得有机会对该修饰的分布和功能进行深入研究[1]。 利用MeRIP-seq/m6A-seq技术鉴定全基因组范围内具有m6A修饰的区域。其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序,结合生物信息学分析,即可在全基因组范围...
网上各种关于MeRIP-seq分析或者叫m6A-seq分析的流程我基本看了一遍,结合自己的实际数据跑通了一遍流程,是比较简化的版本,供大家参考。 上游分析的几个步骤,曾健明老师给的教程非常完成,可以直接学习 基本流程: 测序下机得到的fastq文件 去除rRNA(必要时也可去除tRNA) 比对到参考基因组 Peak Calling Peak Annotation Pe...
三、信息分析流程：原始数据需进行质控，去除接头序列及低质量碱基。数据比对至参考基因组，形成“峰”（peak）以判断m6A修饰位置。MeRIP-seq与Input文库的reads数差异，形成峰（peak），定位m6A修饰区域。接下来进行m6A修饰的注释、分布统计、motif鉴定等深入分析。四、研究思路与案例：MeRIP-seq/m6A-seq研...
本研究通过RIP-seq、RNA-seq、m6A-seq、ATAC-seq等分析揭示了YTHDF2在早期效应T细胞和效应样T细胞中选择性上调和重新分布;YTHDF2缺失加剧了肿瘤进展,并对小鼠和人类的PD-1阻断治疗无反应性;YTHDF2通过m6A依赖性RNA衰变预防线粒体功能障碍;YTHDF2与IKZF1/3互作促进T细胞多功能性;通过联合使用IKZF1/3抑制剂来那...
首先，原始的FASTQ格式下机数据需经过质控，使用Trimmomatic去除接头序列和低质量碱基，参数设置为特定值。然后，经过过滤的序列通过hisat2软件比对到参考基因组，形成m6A修饰区域的“峰”，以判断甲基化位置。进一步，利用R包exomePeak鉴定差异m6A修饰区域，通过标准化比对读数，分析样本间的显著差异。对于mRNA...
m6A是RNA上最丰富的一种修饰,平均每条转录本有1~3个m6A修饰。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、...
染色质免疫沉淀 (ChIP) 和 ChIP-seq 等能够比对蛋白-DNA 相互作用的方法的开发,使得人们越来越了解到异常的表观遗传调节可以引起许多人类疾病。核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN) 是一项可用于染色质分析的新技术。 CUT&RUN 是一种使用靶标特异性一抗和Protein A - Protein G - 微球菌核酸酶 (pAG-MNase) 分离...
RNA甲基化是近年来研究基因表达调控转录后变化的重要研究领域,包括N6-甲基腺苷(m6A)在内的各种类型RNA甲基化参与人类疾病发展。MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术,拓展了RNA表观遗传学研究的基础和临床应用,且呈上升趋势。RNA甲基化数据分析的基本问题之一是通过对比病例和对照来鉴定差异...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组研究中，m6A RNA甲基化修饰是重要现象之一。m6A主要发生在终止密码子和3’UTR附近，参与调控mRNA的稳定性、二级结构、microRNA靶标识别以及基因表达调控等。MeRIP-seq/m6A-seq技术通过特异识别m6A修饰的抗体，对细胞内具有m6A修饰的RNA...
m6A-seq高通量测序数据分析软件是由武汉康测科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1435934,属于分类,想要查询更多关于m6A-seq高通量测序数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!