RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同(如复合物不需要固定,RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶,抗体需经RIP实验验证等等)。RIP实验结束后富集到的RNA,既可以直接用于qPCR,也可用于芯片和测序...
最后根据这些数值,我们可以计算出归一化后的ΔCt值,也叫ΔCt normalized RIP。 这里为什么归一化后的ΔCt normalized RIP还要减去log2(input dilution factor)呢?那是因为需要减去input的噪音,排除其干扰。由于RNA样本特别稀少,所以在做实验的时候往往会把input的使用量按照一定比例减少。如本文中input的占比就只有10%...
YTHDF1的功能主要是识别RNA上的甲基化位点。通过RIP实验(RNA结合蛋白免疫沉淀)和m6A-seq测序分析发现m6A被高度富集在突触素(Synaptophysin)的mRNA上,同时Synaptophysin的mRNA上有YTHDF1的结合位点。早先的研究发现Synaptophysin和全麻药物的神经发育毒性紧密相关。过表达YTHDF1可以回救七氟烷引起的幼年小鼠精细运动能力和认知...
2021年11月21日,云序客户上海交通大学医学院附属新华医院张晓玲团队在《Cell Death Disease》以“The m6A “reader” YTHDF1 promotes osteogenesis of bone marrow mesenchymal stem cells through translational control of ZNF839”为题发表论文,通过m6A MeRIP-seq、RIP-seq(云序生物提供)等测序技术揭示了m6A阅读蛋白YT...
为了探讨RMRP的调控作用,我们使用catRAPID。结果显示,在NSCLC中发挥重要作用的YBX1是RMRP的潜在结合蛋白(图5C)。RIP实验显示,抗YBX1抗体显著富集了RMRP(图5D和E)。RNA下拉实验进一步证实了RMRP和YBX1之间的相互作用(图5F)。以上结果表明YBX1...
RIP检测显示了IGF2BP2和TRAF1 mRNA之间的直接相互作用(图5H)。此外,在舒尼替尼耐药细胞系中,IGF2BP2和TRAF1转录本之间的直接相互作用更强(图5I)。而调控METTL14表达后,相互作用受到显著影响(图5J,K)。抑制IGF2BP2的细胞中,TRAF1 mRNA的稳定性受损(图5L)。这些结果表明,METTL14介导的m6A修饰以IGF2BP2...
❶ 用于m6a甲基化RIP实验的抗体; ❷ Dot-blot检测本底甲基化修饰RNA水平; ❸ MeRIP免疫共沉淀实验; ❹ 高通量测序及生物信息学个性化分析; ❺ 完整实验报告及原始数据结果。 推荐阅读:RNA甲基化修饰(m6A)研究技术及方案设计文献 1.RNA demethylase ALKBH5 preventspancreatic cancer progression byposttranscript...
❶ 用于m6a甲基化RIP实验的抗体; ❷ Dot-blot检测本底甲基化修饰RNA水平; ❸ MeRIP免疫共沉淀实验; ❹ 高通量测序及生物信息学个性化分析; ❺ 完整实验报告及原始数据结果。 推荐阅读:RNA甲基化修饰(m6A)研究技术及方案设计文献 1.RNA demethylase ALKBH5 preventspancreatic cancer progression byposttranscript...
据报道，FIP37在体内可与mRNA结合，作者通过RIP实验发现FIP37蛋白可以结合RNA，并且在蓝光处理下FIP37蛋白能结合更多的RNA（图4a-b），表明在体内和体外蓝光均增强了FIP37与RNA的直接或间接结合。进一步探究CRY1在此过程中的作用时发现，与野生型相比，GST-FIP37与突变体结合的RNA较少，而GST-FIP37与GFP-CRY1结合...
A:Transwell小室实验发现TMBIM6能够促进癌细胞的迁移和侵袭。B:小鼠成瘤实验表明TMBIM6能够促进肿瘤生长。 图4.机制研究 A:RIP-PCR实验发现IGF2BP3能够与TMBIM6结合,敲低RBM15会抑制它们的结合。B:PCR实验表明,过表达IGF2BP3能够导致TMBIM6的mRNA水平升高。C:利用MazF PCR验证,找到TMBIM6的m6A修饰位点(GGACA),...