YTHDF1的功能主要是识别RNA上的甲基化位点。通过RIP实验(RNA结合蛋白免疫沉淀)和m6A-seq测序分析发现m6A被高度富集在突触素(Synaptophysin)的mRNA上,同时Synaptophysin的mRNA上有YTHDF1的结合位点。早先的研究发现Synaptophysin和全麻药物的神经发育毒性紧密相关。过表达YTHDF1可以回救七
最后根据这些数值,我们可以计算出归一化后的ΔCt值,也叫ΔCt normalized RIP。 这里为什么归一化后的ΔCt normalized RIP还要减去log2(input dilution factor)呢?那是因为需要减去input的噪音,排除其干扰。由于RNA样本特别稀少,所以在做实验的时候往往会把input的使用量按照一定比例减少。如本文中input的占比就只有10%...
RIP这种新兴的技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同(如复合物不需要固定,RIP反应体系...
或者可以购买几种酶的抗体进行RIP实验后,对富集到的RNA进行分析挖掘,找到几种酶有互作的RNA甚至是互作区域。接下来对特定的motif进行突变等实验进行验证。在这些实验完成后,如果能发现一种全新的机制一般容易冲击顶级期刊。 (Zhao B et al. (2017) Nature, 542 (7642): 475) 如上图所示,何川教授课题组在斑马鱼...
6.RIP实验探究VIR与参与转录后调控的光保护相关蛋白质 为了解VIR调节光保护相关mRNA的分子机制,作者进行了RNA免疫沉淀(RIP)试验,确定了VIR在体内与光保护相关的转录本,并通过LC-MS/ MS分析鉴定了出182个VIR相关蛋白(图4d),GO富集分析显示这些蛋白主要富集于“核糖体结构成分”、“RNA结合”、“蛋白质结合”等相关...
七、验证和实验 为了确保m6A-seq数据分析的结果可靠,通常需要进行实验验证。常用的验证方法包括qPCR、RIP-qPCR等。 设计引物:针对差异甲基化位点设计特异性引物,用于qPCR验证。 提取RNA:从样本中提取总RNA,进行cDNA合成。 qPCR验证:使用qPCR验证差异甲基化位点的表达水平,比较不同条件下的表达差异。
为了进一步研究m6A甲基化对RNA的影响,通常需要进行m6A甲基化的检测和定量,并结合相关实验数据来分析m6A甲基化的作用机制。 m6A甲基化的检测通常是通过m6A甲基化特异性抗体识别m6A甲基化位点,然后通过m6A RNA免疫沉淀(m6A-RIP)或者m6A甲基化测序(m6A-seq)技术来检测RNA分子上的m6A甲基化位点。m6A-seq是一种高效的全...
√强烈推荐使用 normal Mouse IgG(Cat no.CS200621)演示一个阴性对照RIP反应. 9.室温旋转孵育30分钟. 10.短暂地离心管子并放置在磁力架一分钟并移走上清液. 11.从磁铁上移走微量离心管.添加0.5ml 的 1X IP Buffer 到每个管子中并轻柔使用移液器 完全的重新重悬磁珠来混合磁珠.放置微量离心管在磁力架上一...
还可包括步骤s5中的qubittmdsdnahsassaykit和测序通用接头; 根据本发明实施例另一种典型的实施方式,提供提供了一种所述的微量m6a的检测文库的构建方法或所述的微量m6a的检测文库或所述的微量m6a的高通量检测方法、或所述的微量m6a的检测文库的构建试剂盒在微量m6a检测中的应用。 下面将结合实施例及实验数据对本申请的...
利用merip-qpcr实验在小鼠的外周血单个核细胞中进行ncoa4基因的rna m6a修饰水平的验证 [0045] 1、采用钴60-γ射线照射小鼠并进行分组 [0046] 雄性6-8周龄c57bl/6n小鼠来源于北京维通利华实验动物技术有限公司,健康状态良好的c57bl/6n小鼠给予钴60-γ射线照射。照射条件为室温,照射距离为3米,剂量率为69.1cgy/min...