通过体外的实验证实TRM4B是RNA m5C修饰的甲基转移酶(A.B),tum4b突变株及突变回补实验也证实这一点(C),但这里发现有趣的现象,TRM4B只影响根组织的m5C甲基化,这也与tum4b突变导致根发育异常相一致。为了进一步证实TRM4B的作用,该研究又取tum4b突变株进行m5C-RIP-seq,m5C的特征与前述正常拟南芥测序相一致,但是m5C...
为进一步探索NSUN2介导的基因表达调控,作者对NSUN2敲除的卵巢癌细胞进行RNA测序(RNA-seq),并对卵巢癌细胞进行RNA结合蛋白免疫沉淀测序(RIP-seq)。测序分析结果表明,在卵巢癌细胞中,NSUN2敲除导致1744个基因表达变化,RIP-seq显示NSUN2能够与2842个转录本结合。GO分析揭示通过RNA-seq和RIP-seq鉴定的转录本被富集在...
为进一步探索NSUN2介导的基因表达调控,作者对NSUN2敲除的卵巢癌细胞进行RNA测序(RNA-seq),并对卵巢癌细胞进行RNA结合蛋白免疫沉淀测序(RIP-seq)。测序分析结果表明,在卵巢癌细胞中,NSUN2敲除导致1744个基因表达变化,RIP-seq显示NSUN2能够与2842个转录本结合。GO分析揭示通过RNA-seq和RIP-seq鉴定的转录本被富集在...
为进一步探索NSUN2介导的基因表达调控,作者对NSUN2敲除的卵巢癌细胞进行RNA测序(RNA-seq),并对卵巢癌细胞进行RNA结合蛋白免疫沉淀测序(RIP-seq)。测序分析结果表明,在卵巢癌细胞中,NSUN2敲除导致1744个基因表达变化,RIP-seq显示NSUN2能够与2842个转录本结合。GO分析揭示通过RNA-seq和RIP-seq鉴定的转录本被富集在...
测序分析结果表明,在卵巢癌细胞中,NSUN2敲除导致1744个基因表达变化,RIP-seq显示NSUN2能够与2842个转录本结合。GO分析揭示通过RNA-seq和RIP-seq鉴定的转录本被富集在不同的信号通路中。约72.5%的NSUN2结合转录本是蛋白质编码RNA。通过对RNA-seq、RIP-seq和RNA-BisSeq数据的综合分析,鉴定出163个转录本作为NSUN2...
RIP-PCR评估NSUN2与其标靶转录本之间的互作。 为缩小卵巢癌细胞中NSUN2靶标范围,在NSUN2敲除后的SKOV3细胞中进行了RNA-seq测序,并通过生物信息学分析鉴定出1748个基因被NSUN2敲除显著调控。在这些卵巢癌细胞系中,差异表达基因(DEGs)之间表现出中等程度相关性,且这些DEGs与m5C高甲基化转录本和NSUN2结合的转录本...
n. RIP-PCR评估NSUN2与其标靶转录本之间的互作。 为缩小卵巢癌细胞中NSUN2靶标范围,在NSUN2敲除后的SKOV3细胞中进行了RNA-seq测序,并通过生物信息学分析鉴定出1748个基因被NSUN2敲除显著调控。在这些卵巢癌细胞系中,差异表达基因(DEGs)之间表现出中等程度相关性,且这些DEGs与m5C高甲基化转录本和NSUN2结合的转...
在RIP-Seq中,富集峰代 表了全部活跃转录的区域(相对于对照IgG)。利用富集峰的注释绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。从总体上查看峰偏向的基因组特征。 2、差异富集区鉴定和注释 云序生物使用diffReps软件进行差异富集区(differentially enriched peaks,DEPs)鉴定。默认p-value<0.0001,fold change >=2.0作为差异...
RIP实验显示YBX1可以与SKIL mRNA结合(图5G),并且这种相互作用在NSUN2沉默的细胞中减少(图5H),表明YBX1可能是SKIL的m5C读取器。进一步研究表明,shYBX1可通过降低CRC细胞中SKIL mRNA的稳定性来降低SKIL的表达水平(图5I, J)。沉默YBX1可抑制NSUN2对SKIL表达的激活(图5K, L)。综合上述结果,研究人员得出结论,N...
目前用于检测rna m5c的方法有m5c-rip-seq、miclip-seq、aza-ip-seq、rna-bisseq、wo-seq、tawo-seq及nanopore测序技术。其中m5c-rip-seq需要特异性的m5c抗体来富集含有m5c的片段,其分辨率较低,只有100-150nt。miclip-seq需要rna甲基转移酶突变体的过表达,可能会导致rna甲基化模式的改变。aza-ip-seq中使用的5-...