为了推动mRNA m5C修饰研究,表观生物新推出单碱基分辨率的mRNA m5C BS-seq技术服务。该技术使用重亚硫酸盐对不含修饰的C进行处理,使其在PCR之后转换为T,而m5C修饰并不能进行该转换。结合体外合成全转录组无修饰RNA技术,在mRNA m5C BS-seq中加入IVT RNA作为负对照,得到高置信度的m5C位点,降低了检测结果中的假阳性...
为了研究m5C是否参与了EMF1正向调控光合作用和叶绿体相关基因,作者通过dot blot,LC-MS/MS分析,发现emf1突变体和LFY::asEMF1植株相较于WT植株m5C整体修饰水平升高。接下来,作者通过m5C MeRIP-seq发现与WT植株相比,emf1突变体的m5C位点数量并没有**变化,而富集程度**增加。此外,作者通过RNA-seq与m5C MeRIP-seq联合...
通过体外的实验证实TRM4B是RNA m5C修饰的甲基转移酶(A.B),tum4b突变株及突变回补实验也证实这一点(C),但这里发现有趣的现象,TRM4B只影响根组织的m5C甲基化,这也与tum4b突变导致根发育异常相一致。为了进一步证实TRM4B的作用,该研究又取tum4b突变株进行m5C-RIP-seq,m5C的特征与前述正常拟南芥测序相一致,但是m5C...
m5C RNA甲基化测序(m5C-seq) 对m5C RNA甲基化,目前最流行的检测手段为m5C-Seq技术,适用于m5C RNA甲基化谱研究,快速筛选m5C RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m5C测序: m5C 全转录组测序(涵盖mRNA,LncRNA,circRNA) m5C LncRNA测序(涵盖LncRNA和mRNA) m5C Pri-miRNA测序(涵盖Pri-miRNA和mRNA) ...
为缩小卵巢癌细胞中NSUN2靶标范围,在NSUN2敲除后的SKOV3细胞中进行了RNA-seq测序,并通过生物信息学分析鉴定出1748个基因被NSUN2敲除显著调控。在这些卵巢癌细胞系中,差异表达基因(DEGs)之间表现出中等程度相关性,且这些DEGs与m5C高甲基化转录本和NSUN2结合的转录本也有重叠。通过对SKOV3细胞中726个下调的转录本...
对m5C RNA甲基化,目前流行的检测手段为m5C-Seq技术,适用于m5C RNA甲基化谱研究,快速筛选m5C RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m5C测序: m5C 全转录组测序(涵盖mRNA,LncRNA,circRNA) m5C LncRNA测序(涵盖LncRNA和mRNA) m5C Pri-miRNA测序(涵盖Pri-miRNA和mRNA) ...
其中,RNA-BS-seq 是⼀种能够从单碱基分辨率⽔平检测 m5C 的强有⼒的技术。该技术利⽤重亚硫酸盐处理 RNA,使RNA 上没有发⽣修饰的 C 被转化为 U,⽽发⽣ m5C 修饰的 C 碱基则保持为 C。经过 PCR,U 转变成 T,这样便将 m5C 与C 区分开来。结合⾼通量测序,就可以从转录组范围检测 m5C 修饰...
随着NGS的广泛应用,RNA修饰研究已是表观遗传领域的热点,而m5C-meRIP-seq则是强有力的研究技术之一。 m5C-meRIP-seq可以在全基因组范围内精确检测RNA甲基化,对RNA样品进行片段化,利用特异性的RNA甲基化抗体进行免疫共沉淀反应,将含m5C修饰的mRNA从总mRNA中富集出来,需要设计Input对照样(类似与ChIP-seq)消除背景,利用...
该研究结果揭示了一种新的基因表达调控机制,即植物中组蛋白修饰和 RNA m5C甲基化之间的相互作用。作者发现植物特异性PcG蛋白EMF1具有双重作用,可作为激活剂或阻抑剂...
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