为了推动mRNA m5C修饰研究,表观生物新推出单碱基分辨率的mRNA m5C BS-seq技术服务。该技术使用重亚硫酸盐对不含修饰的C进行处理,使其在PCR之后转换为T,而m5C修饰并不能进行该转换。结合体外合成全转录组无修饰RNA技术,在mRNA m5C BS-seq中加入IVT RNA作为负对照,得到高置信度的m5C位点,降低了检测结果中的假阳性...
RNA甲基化(m5C)与人类疾病密切相关,其功能涉及调控干细胞应激、细胞毒性应激、mRNA出核和植物细胞发育及基因表达等方面。 RNA-BS-seq(RNA-Bisulfite-sequencing)是一种检测m5C的强有力技术。该技术利用重亚硫酸盐处理RNA,使RNA上没有发生修饰的C被转化为U,而发生m5C修饰的C碱基则保持为C。经PCR处理后,U转变成T,...
高丰度的m6A RNA修饰对mRNA功能具有十分重要调控作用,而m5C修饰的功能在很大程度上仍不为人知。本文中作者使用甲基化依赖的miCLIP技术结合RNA bis-seq测定了人类转录组中的m5C修饰位点。结果发现NSUN6是一种甲基转移酶,对mRNA具有很强的底物特异性。NSUN6主要作用于3’UTR区的保守基序CTCCA。敲除和回复实验显示,NSU...
近⼏年来,多种 m5C 研究⽅法的出现(如 MeRIP-seq、 miCLIP、Aza-IP、RNA-BS-seq 等)使得 RNA m5C 修饰的研究再次进⼊⼈们的视野。 其中,RNA-BS-seq 是⼀种能够从单碱基分辨率⽔平检测 m5C 的强有⼒的技术。该技术利⽤重亚...
我们率先开展m5C RNA甲基化测序服务,采用经典重亚硫酸盐处理的方式进行测序(Bisulfite Sequencing, 简称 Bis-seq)。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。此外,我们亦提供 m5C 甲基化免疫沉淀测序(m5C Methylation Immunoprecipitation Sequencing,简称 m5C MeRIP-seq)服务,助力 m5C 修饰研究。
3)免疫沉淀与NGS技术相结合,如m5C单核苷酸分辨率交联与免疫沉淀(miCLIP)和5-氮杂胞苷介导的RNA免疫沉淀测序(5-Aza-seq); 4)基于电信号差异的第三代测序(TGS)(Nanopore-seq); 5)预测模型,如PEA-m5C、m5C-PseDNC、Pm5CS-COMP-mRMR和m5C-heuristic等。
最近使用m5C-RIP-seq、RNA- Bis-seq和Nanopore-seq研究了m5C表达谱及其在植物RNA代谢、发育和应激反应中的作用。本文通过m5C在拟南芥和水稻mRNA中的位置、功能和靶向性的探讨,表明了m5C在拟南芥和水稻根系发育调控中起着至关重要的作用。 图例:5-Methylcytosine (m5C)修饰及其在植物发育和环境适应中的作用。
免疫共沉淀测序(MeRIP-seq):m5C甲基化特异性抗体特异性富集发生甲基化修饰的片段进行测序(IP),通过与不处理组(Input)进行序列比对,将m5C RNA甲基化修饰片段定位到转录组上。 √率先实现超微量技术,低至500ng √全分子覆盖(circRNA,lncRNA,mRNA等) √全物种覆盖(动物、植物全覆盖) ...
水平的试剂为一对特异性扩增NSUN4基因的引物,该引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和 SEQ ID NO.2所示。 9.根据权利要求7所述的肝癌预后预测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包含检测 ALYREF基因表达水平的试剂。 10.根据权利要求9所述的肝癌预后预测试剂盒,其特征在于,所述检测ALYREF基因表 达水平的试剂为一对特...
NSUN2过表达导致吉非替尼耐药和肿瘤复发,而NSUN2基因干扰导致肿瘤消退,并在体外和体内克服了对吉非替尼的固有耐药性。整合RNA-seq和m5C-BisSeq分析结果发现,喹呤巯基氧化酶1(QSOX1)是m5C异常修饰的潜在靶点。NSUN2甲基化QSOX1编码序列区域,通过m5C reader Y-box结合蛋白1(YBX1)增强QSOX1翻译。