本研究通过m5C bis-seq分析,证实了NSUN2在胃癌中表达上调并与不良预后相关,并通过测定了m5C在GC mRNA中的分布,发现m5C修饰的基因主要参与了多种癌症相关的信号通路,SUMO化修饰-NSUN2-m5C轴可能是胃癌和泛癌治疗的一个新的诊断和治疗靶点(图7 )。 图7 SUMO-2/3-NSUN2-m5C修饰在胃癌中的功能景观模型 云序生...
GO分析揭示通过RNA-seq和RIP-seq鉴定的转录本被富集在不同的信号通路中。约72.5%的NSUN2结合转录本是蛋白质编码RNA。通过对RNA-seq、RIP-seq和RNA-BisSeq数据的综合分析,鉴定出163个转录本作为NSUN2的潜在靶点(图3d)。 为进一步确定NSUN2介导的基因调控机制,使用比值比(OR)来评估m5C高甲基化RNA或NSUN2结合转...
m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C普遍存在,但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。我们率先开展m5C RNA甲基化测序服务,采用经典重亚硫酸盐处理的方式进行测序(Bisulfite Sequencing, 简称 Bis-seq)。在全转录...
GO分析揭示通过RNA-seq和RIP-seq鉴定的转录本被富集在不同的信号通路中。约72.5%的NSUN2结合转录本是蛋白质编码RNA。通过对RNA-seq、RIP-seq和RNA-BisSeq数据的综合分析,鉴定出163个转录本作为NSUN2的潜在靶点(图3d)。 为进一步确定NSUN2介导的基因调控机制,使用比值比(OR)来评估m5C高甲基化RNA或NSUN2结合转...
m5C-Bis-Seq总共鉴定出1208个基因中11788个m5C候选位点在HepG2和NSUN2缺失细胞之间有差异甲基化。KEGG富集分析显示这些DMGs在20种途径中富集,包括剪接体、癌症中的蛋白聚糖、细胞周期、雌激素信号通路等(图3e)。RNA-Seq与m5C-Bis-Seq比较分析后得出,NSUN2缺失,导致包括H19 LncRNA在内的52个lncRNA在m5C甲基化...
m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C普遍存在,但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。我们率先开展m5C RNA甲基化测序服务,采用经典重亚硫酸盐处理的方式进行测序(Bisulfite Sequencing, 简称 Bis-seq)。在全转录...
研究通过RNA-Bis-seq等分析鉴定出m5C甲基转移酶NSUN2在CRC中表达水平升高及其在CRC中的致癌作用,以及潜在的遗传和分子机制。NSUN2诱导的代谢重编程以m5C依赖性方式调控ENO1表达增强葡萄糖代谢,导致CRC细胞中乳酸产生增加。此外,乳酸不仅通过组蛋白H3K18乳酸化(H3K18la)激活NSUN2转录,还诱导NSUN2在Lys356残基(K356...
研究通过RNA-Bis-seq等分析鉴定出m5C甲基转移酶NSUN2在CRC中表达水平升高及其在CRC中的致癌作用,以及潜在的遗传和分子机制。NSUN2诱导的代谢重编程以m5C依赖性方式调控ENO1表达增强葡萄糖代谢,导致CRC细胞中乳酸产生增加。此外,乳酸不仅通过组蛋白H3K18乳酸化(H3K18la)激活NSUN2转录,还诱导NSUN2在Lys356残基(K356...
研究通过RNA-Bis-seq等分析鉴定出m5C甲基转移酶NSUN2在CRC中表达水平升高及其在CRC中的致癌作用,以及潜在的遗传和分子机制。NSUN2诱导的代谢重编程以m5C依赖性方式调控ENO1表达增强葡萄糖代谢,导致CRC细胞中乳酸产生增加。此外,乳酸不仅通过组蛋白H3K18乳酸化(H3K18la)激活NSUN2转录,还诱导NSUN2在Lys356残基(K356...
免疫荧光染色和GO分析揭示NSUN2在卵巢癌细胞中的定位和肿瘤相关调控通路。此外,通过RNA-BisSeq、RNA-seq、RIP-seq和ChIP-seq等技术分析了NSUN2介导的基因表达调控,并验证E2F1在NSUN2介导的卵巢癌进展中发挥至关重要的作用。 研究结果 (1)NSUN2在卵巢癌组织中过表达,NSUN2过表达与卵巢癌症患者预后不良相关...