本研究通过m5C bis-seq分析,证实了NSUN2在胃癌中表达上调并与不良预后相关,并通过测定了m5C在GC mRNA中的分布,发现m5C修饰的基因主要参与了多种癌症相关的信号通路,SUMO化修饰-NSUN2-m5C轴可能是胃癌和泛癌治疗的一个新的诊断和治疗靶点(图7 )。 图7 SUMO-2/3-NSUN2-m5C修饰在胃癌中的功能景观模型 云序生...
RNA-BiS-Seq分析显示,在NSUN2基因敲除组中,不同染色体和基因区域的甲基化水平显著降低(图3F)。RNA-BiS-Seq和RNA-Seq的综合分析表明,与对照组相比,NSUN2基因敲除CRC细胞中ENO1的m5C甲基化和mRNA水平显著降低(图3G)。研究人员分析了NSUN2介导的m5C修饰对ENO1的影响。RT-qPCR分析和Western Blot分析结果表明,NSUN...
RNA-BiS-Seq分析显示,在NSUN2基因敲除组中,不同染色体和基因区域的甲基化水平显著降低(图3F)。RNA-BiS-Seq和RNA-Seq的综合分析表明,与对照组相比,NSUN2基因敲除CRC细胞中ENO1的m5C甲基化和mRNA水平显著降低(图3G)。研究人员分析了NSUN2介导的m5C修饰对ENO1的影响。RT-qPCR分析和Western Blot分析结果表明,NSUN...
免疫共沉淀测序(MeRIP-seq):m5C甲基化特异性抗体特异性富集发生甲基化修饰的片段进行测序(IP),通过与不处理组(Input)进行序列比对,将m5C RNA甲基化修饰片段定位到转录组上。 √率先实现超微量技术,低至500ng √全分子覆盖(circRNA,lncRNA,mRNA等) √全物种覆盖(动物、植物全覆盖) m5C bis-seq测序流程图 m5C Bi...
研究通过RNA-Bis-seq等分析鉴定出m5C甲基转移酶NSUN2在CRC中表达水平升高及其在CRC中的致癌作用,以及潜在的遗传和分子机制。NSUN2诱导的代谢重编程以m5C依赖性方式调控ENO1表达增强葡萄糖代谢,导致CRC细胞中乳酸产生增加。此外,乳酸不仅通过组蛋白H3K18乳酸化(H3K18la)激活NSUN2转录,还诱导NSUN2在Lys356残基(K356...
本研究通过m5C MeRIP-seq、RNA-seq、m5C Bis-seq等多种技术的联合分析,发现在病毒感染过程中,内源性NSUN2的表达水平降低,因此IRF3 mRNA的m5 C修饰水平降低,但稳定性增加。因此,IRF3的表达水平提高,允许更强的干扰素反应和有效的消除病毒。这种重要的宿主抗病毒策略来调节干扰素反应的进化表明,NSUN2介导的m5 C修饰...
利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C普遍存在,但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。我们率先开展m5C RNA甲基化测序服务,采用经典重亚硫酸盐处理的方式进行测序(Bisulfite Sequencing, 简称 Bis-seq)。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。此外,我们生物亦提供 ...
研究通过RNA-Bis-seq等分析鉴定出m5C甲基转移酶NSUN2在CRC中表达水平升高及其在CRC中的致癌作用,以及潜在的遗传和分子机制。NSUN2诱导的代谢重编程以m5C依赖性方式调控ENO1表达增强葡萄糖代谢,导致CRC细胞中乳酸产生增加。此外,乳酸不仅通过组蛋白H3K18乳酸化(H3K18la)激活NSUN2转录,还诱导NSUN2在Lys356残基(K356...
因此,为了确定参与NSUN2介导的CRC进展的下游效应物,研究人员使用RNA测序和亚硫酸盐测序(RNA-bisseq)数据评估了潜在靶点。重叠后,有14个潜在目标(图3C)。其中,ATF3、CDK9、HEY1、CBX4、ITGB1、SKIL为癌基因,而SETD2作为肿瘤抑制基因。然而,当研究人员使用不同的细胞系进行验证时,在DLD1细胞、HCT116细胞和HT-...
m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C普遍存在,但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。我们率先开展m5C RNA甲基化测序服务,采用经典重亚硫酸盐处理的方式进行测序(Bisulfite Sequencing, 简称 Bis-seq)。在全转录...