为了推动mRNA m5C修饰研究,表观生物新推出单碱基分辨率的mRNA m5C BS-seq技术服务。该技术使用重亚硫酸盐对不含修饰的C进行处理,使其在PCR之后转换为T,而m5C修饰并不能进行该转换。结合体外合成全转录组无修饰RNA技术,在mRNA m5C BS-seq中加入IVT RNA作为负对照,得到高置信度的m5C位点,降低了检测结果中的假阳性...
采用预定义的选择标准,在mRNA序列中鉴定出8495个新的候选m5C位点,显示出m5C在mRNA非翻译区(UTR)和近Argonaute蛋白结合区域富集。 随后,BS-seq转向利用Illumina技术,并已在多种生物和条件下应用,不同研究采用不同的选择标准来筛选潜在的m5C候选位点。其中一项研究利用BS-seq在人类HeLa细胞和多种小鼠组织中绘制了转录组...
m5C bsRNA-seq结题报告解读, 视频播放量 34、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 1, 视频作者 康测科技, 作者简介 ,相关视频:ATAC-seq 讲解,miRNA-seq结题报告解读,ac4c-seq报告解读,BS-seq报告解读视频,Nanopore DRS结题报告解读,CAGE-seq结题
早在1970 年,就已经在 mRNA 上发现 m5C 修饰的存在,但是由于技术限制,mRNA 上 m5C 修饰的研究多年来进展缓慢。近⼏年来,多种 m5C 研究⽅法的出现(如 MeRIP-seq、 miCLIP、Aza-IP、RNA-BS-seq 等)使得 RNA m5C 修饰的研究再次进⼊⼈们的视野。 其中,RNA-BS-seq 是⼀种能够从单碱基分辨率⽔平...
BS-RNA-seq分析的关键是评估亚硫酸盐处理后C到U的转化效率。文章采用tRNAGly(GCC) 5ʹ端31nt的内源性小RNA片段作为对照,其大小与miRNAs相似,评估从C到U的转化效率在98.7%到99.9%之间,平均为99.4%。 3.4 miRNA上的(h)m5C图谱 在被分析的样本中,有40%的miRNA存在一个或多个C碱基的甲基化。部分miRNA在两个...
由于NSUN2是负责RNA m5C修饰的主要甲基转移酶,研究人员分析了NSUN2促进乳腺癌(BC)进展机制:从5名临床患者中选择癌症和邻近组织样本,进行转录组分析(RNA-seq)和mRNA m5C亚硫酸盐测序(RNA-BS)。 研究首先证实了NSUN2可以影响mRNA中m5C的整体甲基化水平(图3A)。结合RNA-seq和RNA-BS测序筛选了BC组织中m5C修饰的mR...
m5C修饰的研究最初集中在tRNA和rRNA上,而对mRNA的研究则相对滞后。然而近年来,用于检测m5C修饰的高通量技术发展迅速,例如亚硫酸盐测序(BS-seq)、5-氮杂胞苷交联测序(Aza-IP)或单核苷酸分辨率交联免疫沉淀测序(miCLIP-seq)。特别是超快速亚硫酸氢盐测序(UBS-seq)和m5C-TAC-seq等新技术的出现,进一步提高了检测的...
其中,RNA-BS-seq 是⼀种能够从单碱基分辨率⽔平检测 m5C 的强有⼒的技术。该技术利⽤重亚硫酸盐处理 RNA,使RNA 上没有发⽣修饰的 C 被转化为 U,⽽发⽣ m5C 修饰的 C 碱基则保持为 C。经过 PCR,U 转变成 T,这样便将 m5C 与C 区分开来。结合⾼通量测序,就可以从转录组范围检测 m5C 修饰...
其中,RNA-BS-seq 是⼀种能够从单碱基分辨率⽔平检测 m5C 的强有⼒的技术。该技术利⽤重亚硫酸盐处理 RNA,使RNA 上没有发⽣修饰的 C 被转化为 U,⽽发⽣ m5C 修饰的 C 碱基则保持为 C。经过 PCR,U 转变成 T,这样便将 m5C 与C 区分开来。结合⾼通量测序,就可以从转录组范围检测 m5C 修饰...