CeRNA是一类能够竞争性地结合共享miRNA并在转录后水平上相互交叉调节的ncRNA。在细胞质中,lncRNA和circRNA可以通过共同的miRNA反应元件(MRE)作为miRNA海绵,间接调控下游靶基因。这种基于ceRNA的调节机制已在多种癌症中被发现。ceRNA网络为改善HCC...
目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT...
ceRNA网络是一个复杂的转录后调控网络,其中环状RNA (circRNA)、长链非编码RNA (lncRNA)和蛋白质编码mRNA通过至少一个共享的miRNA反应元件(MRE)与microRNA (miRNA)竞争。 由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。
4. ceRNA网络的构建 通过合并共表达获得总共14对ceRNA对和lncRNA–miRNA–mRNA靶向对,其中ceRNA对涉及6个上调的lncRNA和8个下调的lncRNA。详细的预测过程如图4所示,并且使用Cytoscape软件可视化ceRNA调控网络。其中,我们发现dre-miR-24b-3p和dre-miR-193b-3p是ceRNA对的核心元件,与四个lncRNA和三个mRNA相互作用,包...
根据得到的lncRNA-miRNA文件和miRNA-mRNA文件,合并之 第八步 构建ceRNA网络,根据上述得到的lncRNA-miRNA-mRNA文件,连同分类及regulation,构建特征文件,cytoscape可视化ceRNAnet 所需要的文件 不变的: 1. mircode.txt 构建lnc和miRNA的关系 2. starBase_miRNA.txt 标准化miRNA ...
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筛选了与干旱抗性相关的lncRNA、miRNA和mRNA，构建了cerNA网络。利用cerna网络阐明了lncRNA的潜在功能，...
利用starbase预测miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间调控关系，以及其他RNA-RNA之间相互调控关系，还有ceRNA网络...
该课题组利用Arraystar piRNA芯片等表达谱芯片研究发现piR-30188和miR-367-3p、lncRNA OIP5-AS1 与CEBPA基因的 mRNA形成ceRNA机制,调控下游TRAF4基因表达,影响神经胶质瘤的增殖侵袭等。该研究成果发表在课题组在国际知名学术期刊Theranostics(影响因子8.766)。(芯片实验由Aksomics提供技术服务) 研究背景 成胶质细胞瘤...
功能富集分析使用R中的聚集体进行.PPI网络通过参考String网站建立。通过R中的survival包进行DERNA的生存相关分析。从Starbase v3.0数据框获得mRNA,miRNA和lncRNA之间的相互作用并构建ceRNA网络。 Consensus Cluster Plus软件包用于识别分子亚型。通过将它们与GEO微阵列数据进行比较来验证所有关键基因。使用SPSS 22.0对不同...