CeRNA是一类能够竞争性地结合共享miRNA并在转录后水平上相互交叉调节的ncRNA。在细胞质中,lncRNA和circRNA可以通过共同的miRNA反应元件(MRE)作为miRNA海绵,间接调控下游靶基因。这种基于ceRNA的调节机制已在多种癌症中被发现。ceRNA网络为改善HC...
目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT...
研究人员比较公共TCGA和GEO数据库中可用的RNA测序数据,以确定在HCC和正常组织中不同水平表达的mRNA、lncRNA和circRNA,并预测差异表达(DE)circRNA和lncRNA的靶向miRNA,以构建HCC的预后circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。他们建立了一个七基因的HCC标记,并验证了预后标记中的一个中枢基因DTYMK,作为一种新的潜在生物...
结果 从肿瘤和正常组织中鉴定出总共2907个mRNA(1366个上调和1541个下调),191个miRNA(98个上调和93个下调)和1831个lncRNA(1151个上调和680个下调) 。基于上述的差异RNA成功构建了ceRNA网络,并使用了15个DEmRNA,1个DEmiRNA,2个与预后相关的DElncRNA。 结论 该研究构建了一个ceRNA网络并鉴定了TSCC的分子亚型,我们...
为探究牦牛心脏缺氧适应机制,研究人员分析了牦牛心脏冠状动脉血管平滑肌细胞(CASMCs)在缺氧和常氧下的 lncRNA - miRNA - mRNA ceRNA 网络,发现相关差异表达基因及通路,为理解牦牛缺氧适应分子机制提供依据。 牦牛心脏缺氧适应机制研究:开启高原生命奥秘之门
筛选了与干旱抗性相关的lncRNA、miRNA和mRNA，构建了cerNA网络。利用cerna网络阐明了lncRNA的潜在功能，...
利用starbase预测miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间调控关系，以及其他RNA-RNA之间相互调控关系，还有ceRNA网络...
第八步 构建ceRNA网络,根据上述得到的lncRNA-miRNA-mRNA文件,连同分类及regulation,构建特征文件,cytoscape可视化ceRNAnet 所需要的文件 不变的: 1. mircode.txt 构建lnc和miRNA的关系 2. starBase_miRNA.txt 标准化miRNA 变的: 1. deg-miRNA、deg-lncRNA、deg-mRNA 2.deg-miRNA的预测靶基因 三个tsv文件 ...
4. ceRNA网络的构建 通过合并共表达获得总共14对ceRNA对和lncRNA–miRNA–mRNA靶向对,其中ceRNA对涉及6个上调的lncRNA和8个下调的lncRNA。详细的预测过程如图4所示,并且使用Cytoscape软件可视化ceRNA调控网络。其中,我们发现dre-miR-24b-3p和dre-miR-193b-3p是ceRNA对的核心元件,与四个lncRNA和三个mRNA相互作用,包...
该课题组利用Arraystar piRNA芯片等表达谱芯片研究发现piR-30188和miR-367-3p、lncRNA OIP5-AS1 与CEBPA基因的 mRNA形成ceRNA机制,调控下游TRAF4基因表达,影响神经胶质瘤的增殖侵袭等。该研究成果发表在课题组在国际知名学术期刊Theranostics(影响因子8.766)。(芯片实验由Aksomics提供技术服务) 研究背景 成胶质细胞瘤...