CeRNA是一类能够竞争性地结合共享miRNA并在转录后水平上相互交叉调节的ncRNA。在细胞质中,lncRNA和circRNA可以通过共同的miRNA反应元件(MRE)作为miRNA海绵,间接调控下游靶基因。这种基于ceRNA的调节机制已在多种癌症中被发现。ceRNA网络为改善HCC...
miRNA-lncRNA-mRNA构成的ceRNA网络思路分享, 视频播放量 290、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 2、收藏人数 13、转发人数 1, 视频作者 生信交流平台, 作者简介 生信博士,分享生信技能。合作请联系:,相关视频:lncRNA分类及特征,lncRNA的生物学功能,circRNA的生物学功能
ceRNA网络是一个复杂的转录后调控网络,其中环状RNA (circRNA)、长链非编码RNA (lncRNA)和蛋白质编码mRNA通过至少一个共享的miRNA反应元件(MRE)与microRNA (miRNA)竞争。 由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。
目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT...
同时,基于lncRNA–miRNA–mRNA ceRNA的靶向关系验证和表达分析,可以合理地认为IB_III中IB的缓慢生长是由于成骨细胞的分化减少和lnc017705–miR-24a-3p–ZIP1调节的Ca2 +沉积ceRNA网络。 文案/ 小裁缝 整理排版 / 夏蝉 更多的医学专业知识在公众号“医讯汇”等着你...
根据得到的lncRNA-miRNA文件和miRNA-mRNA文件,合并之 第八步 构建ceRNA网络,根据上述得到的lncRNA-miRNA-mRNA文件,连同分类及regulation,构建特征文件,cytoscape可视化ceRNAnet 所需要的文件 不变的: 1. mircode.txt 构建lnc和miRNA的关系 2. starBase_miRNA.txt 标准化miRNA ...
筛选了与干旱抗性相关的lncRNA、miRNA和mRNA，构建了cerNA网络。利用cerna网络阐明了lncRNA的潜在功能，...
基于ceRNA假说,合格的lncRNA应该与miRNA负相关,而与mRNA正相关。同样对预测的lncRNA进行表达水平和预后验证。将表达和生存分析结果相结合后,有四个lncRNA被鉴定为ceRNA网络中的关键lncRNA。 七、乳腺癌lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建 基于先前的预测和验证,建立乳腺癌的关键lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。
在ceRNA相关的研究中,例如circRNA-miRNA-mRNA,或者lncRNA-miRNA-mRNA的靶向关系图谱,一般通过网络图呈现。首先可以肯定的是,网络图是一种清晰展示ceRNA网络结构的有效方法。 文献中的ceRNA网络图示例 不过同一种类型的图见多了,多少会产生一些审美疲劳。那么,有没有其它的可替代方案呢?本篇则给大家带来一种别致的画风...
本研究分析多个公开数据集,筛选小鼠毛囊周期中周期性变化表达的miRNA, mRNA和lncRNA, 构建竞争性内源RNA (ceRNA) 调控网络并验证;利用富集分析研究网络中分子的功能,并探究其在雄激素性脱发中的相关性。 小鼠毛囊周期中ceRNA网络是怎么样? 本研究揭示了11个在小鼠毛囊生长期下调,休止期上调的miRNAs (miR-148a-3p...