Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2. Cis vs trans 相关系数(correlation coefficien...
Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2. Cis vs trans 相关系数(correlation coeffici...
Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2. Cis vs trans 相关系数(correlation coefficien...
由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据...
lncRNA 和 mRNA 共表达分析 网络图为筛选出的核心基因之间的关系,通过图论的方法计算出关键 lncRNA 与 mRNA,并通过关键 lncRNA 的共表达 mRNA 预测出其功能。 lncRNA 和 mRNA 共表达分析介绍 共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系...
通常认为共表达基因集参与同一通路,或者受到同样的调控,具有相似的生物学功能,利用表达谱数据寻找与lncRNA共表达的mRNA,从而来研究lncRNA的功能。 通过ceRNA调控机制 ceRNA是近几年很火的一个概念,指的是各种RNA分子通过竞争性结合miRNA从而发挥调控作用,对于lncRNA而言,通过lncRNA-miRNA-mRNA这种ceRNA机制,将lncRNA关联...
1) 基于共表达模块的功能预测 整体网络被划分为27个共表达模块(module)。32个在拟时间分析中发现的分化相关的lncRNA被划入特定的共表达模块。通过模块内mRNA的功能富集分析,就可以预测模块内lncRNA的功能。例如,模块13由78个mRNA和18个lncRNA构成,其中包括拟时分析中发现的在分化后期高表达的lncRNA CRND (图 4D...
通过lncRNA与mRNA的共表达 通常认为共表达基因集参与同一通路,或者受到同样的调控,具有相似的生物学功能,利用表达谱数据寻找与lncRNA共表达的mRNA,从而来研究lncRNA的功能。 通过ceRNA调控机制 ceRNA是近几年很火的一个概念,指的是各种RNA分子通过竞争性结合miRNA从而发挥调控作用,对于lncRNA而言,通过lncRNA-miRNA-mRNA...
⑥构建lncRNA-mRNA共表达网络 通过计算Pearson相关系数构建共表达网络,阈值为|R|>0.3且P<0.05。使用Cytoscape软件进行可视化。 ⑦功能注释和GSEA 对上面筛选出的靶mRNA进行GO、KEGG富集。对高低风险组患者进行GSEA,筛选P<0.05、fdr<0.25的基因集。 可以看到研究内容还是蛮丰富的,有临床预后的研究也有潜在通路分子机制...
以此为出发点,作者在3对早期阶段的LSCC样品和相应的癌旁组织进行了lncRNA和mRNA的芯片分析(很多国内公司的lncRNA芯片包含mRNA),一共检测到了30,586 个lncRNAs和 26,109 个mRNA,其中,1407个lncRNA在癌症样品中上调,1261个下调。 第二步(...