首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开lncRNA-mRNApearson、spearman相关系数计算页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_lncrna_mrna_pearson_spearman_coexpression_analysis_t013 图3.相关系数计算页面 2,示例数据 点击右侧“示例数据...
通过研究 lncRNA 与 mRNA 的共表达关系,研究者可通过分析 lncRNA 调控能力,获得样本随实验变化的核心调控 lncRNA。 每组数据 3 个或 3 个以上生物学重复,每个样本均含有 lncRNA 与 mRNA 数据,差异基因或者关注的部分基因。 1、图片文件(Network 图),包括 png,PDF 格式;...
对于lncRNA, 对其共表达的mRNA做GO和KEGG富集分析,采用的方法是费舍尔检验,将功能富集的结果当做该lncRNA的注释,完整流程示意如下 CEGs代表共表达基因Co-Expressed Genes,通过这个菜单可以浏览共表达分析的结果,示意如下 选择数据集和共表达分析的方法,设置阈值,通过mRNA或者lncRNA的名字来查找对应的共表达基因,点击patter...
在CS不同时间点表达的lncRNA在总lncRNA中表达的百分比范围为64.3%至68.9%,而mRNA在总mRNA中的百分比范围为87.9%至89.7%(图S3A,左上方)。在IG的不同时间点表达的lncRNA在总lncRNA中的百分比范围为64.8%至81.0%,而在总mRNA中的mRNA百分比范围为87.2%至91.9%(图S3A,右上方)。但是,在同一样本中,CS和IG期间特异...
共表达扰动网络并对网络中的关键基因进行通路富集分析㊂然后，基于乳腺癌相关的ｌｎｃＲＮＡ⁃ｍＲＮＡ关系对，构建乳腺癌预测的分类器模型㊂最后，通过Ｌａｓｓｏ回归筛选变量构建多因素Ｃｏｘ比例风险回归模型对乳腺癌患者进行生存预后分析㊂结果构建了乳腺癌相关的ｌｎｃＲＮＡ⁃ｍＲＮＡ共表达扰动网络，其中...
又是一篇signature的文章,不过文章重点不在是mRNA了,而是我们的科研热点lncRNA,这就是所谓的蹭热度,第一步便在题目中的实现了蹭热度的小目标。 一、数据集的下载 5个 GEO数据库非小细胞肺癌数据集下载和TCGA肺癌数据集的下载,其中四个GEO数据集用来做训练数据集,TCGA和另外一个GEO数据集做验证数据集。
解决方法很简单,lncRNA没有注释,但是mRNA有呀,这里有一个基本假设,和mRNA表达模式类似的lncRNA可能互相调控具有相似的功能。作者对三类lncRNA(芯片结果会给lncRNA分类)和基因都做了共表达分析。 第三步(分析):lncRNA功能聚类 有了共表达的...
(相关系数>0.90).lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原、呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程;KEGG信号通路主要有脂肪酸降解、过氧化物酶体增殖物激活受体和p-丙氨酸代谢.与核心LINC01018(又名SRHC)、EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2、PCK2、EHHADH、F11、FM04和NR1 I3与患者生存曲线...
第一个原因,因为毕竟同时测lncRNA与mRNA本身信息比较大,自然需要更大的数据量;另外lncRNA表达量相对低一点,所以需要测到lncRNA的话,理论上就需要更深的数据量。但同时有个问题,因为测lncRNA是采用去核糖体RNA的方法,去核糖体RNA的方法无法保证能够把核糖体去得干干净净的,所以最后的测序数据里面都会多多少少比较...
1与mRNA表达的相关性 由于使用的RNA-seq的数据,所以就可以看lncRNA的表达和哪些基因存在共表达关系,所以这个数据库提供了正常组织和癌症细胞当中共表达的基因。 2 与蛋白的相互作用 看完了mRNA的共表达,就可以看这个和蛋白的关系了。这个数据库使用了目前发表的GEO上面的CLIP-seq的数据来进行分析,对于GEO里面没有的...