由中山大学团队开发,用来研究由大规模 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) 产生的lncRNA, miRNA, ceRNA, RNA-bingding protein 和mRNA互作网络的数据库,其中的数据包含了14中tumor samples,超过了6000个样本,可以选择多个数据库进行协同预测,可以选择CLIP-Seq数据的等级。starBase可以用来研究protein-...
点击上方“miRNA-lncRNA”,页面刷新后点击“Run our Example”,以示例数据为例进行说明: 示例数据分别在miRNA以及lncRNA两处检索框提供了检索示例分子,那这个时候数据库就会根据输入的分子判断输入的miRNA list与lncRNA list之间是否存在相互结合的关系对。同理,如果仅输入miRNA分子,则检索该miRNA结合的lncRNA;仅输入ln...
LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, repor...
通过lncRNA获得结合的miRNA(3个miRNA预测数据库中都存在),再获得miRNA作用的靶基因mRNA,靶基因mRNA与任一肿瘤差异mRNA取交集,交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图,并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。 通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mircode数据库 3.这可能是最轻松易懂的lncRNA与miRNA介绍了...
通过这个数据库,我们可以查询到lncRNA与miRNA之间的相互作用信息,但是在线检索一次只能检索几个lncRNA或者miRNA, 同时需要注意lncRNA id的格式,只支持refseq Id,ensembl id和human body map项目中给出的lncRNA id。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—...
lncRNA,miRNA,mRNA互作 通过lncRNA获得结合的miRNA（3个miRNA预测数据库中都存在），再获得miRNA作⽤的靶基因mRNA，靶基因mRNA与任⼀肿瘤差异mRNA取交集，交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图，并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mircode数据库 3.这可能是最...
六、Starbase 数据库 Starbase 数据库:Starbase V3.0提供miRNA调控LncRNA、假基因和circRNA的互作信息。 七、DIANA-LncBase V2数据库 DIANA-LncBase V2数据库:来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,DIANA-LncBase:提供基于2个研究的CLIP-Seq数据miRNA调控LncRNA的信息。该网站可以预测lncRNA-mi...
有非常多的文献报导指出,lncRNA可以作为miRNA sponge, 从而与miRNA发生相互作用。LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis./diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 ...
LncRNA可以与miRNA互作,作为ceRNA并吸收miRNA,抑制miRNA的作用,促进mRNA表达。常见的靶基因预测网站TargetScan、microRNA等只能预测编码基因3UTR与miRNA的结合,有些网站可以预测LncRNA与miRNA的结合位点,比如starbase,但是只能预测少部分且已知的LncRNA,碰到新发现的novel LncRNA就无能为力了。而今天我们要介绍的这两个...
在Variation库中包含92725757个SNP位点,根据所处染色体可以查询目的LncRNA。 在Interaction库中包含128392451条LncRNA和miRNA互作的信息。 除了这些可用资源库,该网站还提供了序列比对、编码能力预测、分类和LncRNA编号转换等四种实用工具,方便大家快速查询。 由此可见,该网站全面而简便,查询结果让大家一目了然,研究LncRNA...