一种基于序列互补位点信息预测lncrna-mirna相互作用的方法 现有预测lncRNA与miRNA相互作用的方法主要存在假阳性率高、过度依赖已知数据、忽略序列结构特异性等问题。针对这些缺陷，提出通过序列互补位点特征建立预测模型，结合多组学数据验证的解决方案，能够有效提升预测精准度与生物意义解析能力。该方法核心在于整合序列结构信息与
通过整合lncRNA与miRNA的不同相似性信息构建的lncRNA相似度矩阵以及miRNA相似度矩阵网络;使用二阶图卷积神经网络学习相似矩阵信息的二阶表示,同时将采用不同的图嵌入方法将得到的多种特征表示与二阶图表示进行特征融合,通过多层感知机(MLP)获取内部表示,将lncRNA与miRNA的特征向量信息通过内积融合得到评分预测矩阵,最后...
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肿瘤发生过程中miRNA与lncRNA的相互作用 肿瘤是一种复杂的疾病,其发生和发展涉及到许多基因的异常表达。近年来,越来越多的研究表明,microRNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)在肿瘤发生过程中起着至关重要的作用。本文将探讨肿瘤发生过程中miRNA与lncRNA的相互作用,以期为肿瘤治疗提供新的思路。
通过合并共表达获得总共14对ceRNA对和lncRNA–miRNA–mRNA靶向对,其中ceRNA对涉及6个上调的lncRNA和8个下调的lncRNA。详细的预测过程如图4所示,并且使用Cytoscape软件可视化ceRNA调控网络。其中,我们发现dre-miR-24b-3p和dre-miR-193b-3p是ceRNA对的核心元件,与四个lncRNA和三个mRNA相互作用,包括LNC_007210,LNC_0112...
有非常多的文献报导指出,lncRNA可以作为miRNA sponge, 从而与miRNA发生相互作用。LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下
通过这个数据库,我们可以查询到lncRNA与miRNA之间的相互作用信息,但是在线检索一次只能检索几个lncRNA或者miRNA, 同时需要注意lncRNA id的格式,只支持refseq Id,ensembl id和human body map项目中给出的lncRNA id。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— ...
三者之间的互相作用 1 lncRNAvsmiRNA 什么是lncRNA和miRNA? 他们都来自一个大家庭:非编码RNA(non-coding RNA)。 先说微小RNA(micro RNA, miRNA),MicroRNAs (miRNAs)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的...
lncRNASNP数据库收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位点信息,通过以下两种思路将lncRNA与SNP结合起来 探究SNP位点对于lncRNA结构的影响 分析SNP位点对于lncRNA与miRNA结合的影响 除此之外,还提供了lncRNA,SNP在TCGA数据库中的相关信息,比如lncRNA在各种肿瘤中的表达谱,SNP位点在各种疾病中的突变情况。该数据库...